怎么查找一个基因的启动子序列

定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。

区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。

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Do One Thing, And Do It Well. mybbff edited on 2005-07-22 08:41 举报

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 超级细菌耐药性基因多重PCR检测 【原创】ensembl 改版后如何查找启动子 【原创】使用UCSC查找一个基因的启动子序列（终） 【共享】如何查找基因启动子，外显子，内含子序列-最新的资料

Revelation 2005-05-07 11:23 消息 引用 收藏 分享

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加关注  豆瓣社区  腾讯微博  开心网  人人网 下面以BCL-2基因为例，查找查找该基因的启动子区域，首先要找到该基因的基因组序列。去NCBI吧，在Search的下拉菜单里找到Gene，在检索项里输入Bcl-2，检索第一项就是bcl-2 for human，点进去看看啥样。。。

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0票 票数 Do One Thing, And Do It Well. Revelation edited on 2005-05-07 11:59 举报  基因过表达 2005-05-07 11:35 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里？  复制网址  新浪微博

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0票 票数 Do One Thing, And Do It Well. 举报  • 【消息】ACEI + ARB， 你给血透患者用这样的组合吗？ 2005-05-07 11:38 消息 引用 收藏 分享

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0票 票数 Do One Thing, And Do It Well. 举报  • 【读片】产科疑难超声病例（299）：十指连心，水深请谨慎 2005-05-07 11:48 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里？  复制网址  新浪微博

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 罗氏NimbleGen比较基因组杂交4x72K芯片服务

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丁当加关注 2005-05-07 11:55 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里？  复制网址  新浪微博  豆瓣社区  腾讯微博  开心网  人人网 把“5' Flanking sequence”的值改成5000bp，哼！小样！！不行？10000，20000，。。。，靠，上一个基因的exon都露出来，算了吧（最大值99999）。 如果保守估计可以做起始位点上游2000bp内的区域，如果最大化估计，可以用起始位点上游至上有基因的最后一个exon结尾处，算你狠！！！

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 • 【期刊导读】PM（北医）：塞来昔考用于鼻内镜术后疼痛的治疗

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 • 【求职】要么不当医生，要么就当庸医

lsgggg 2005-05-07 15:07 消息 引用 收藏 分享

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好文！

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得票 不过CXCR4的基因点了ensamble后怎么没有结果呢？？ 0票 票数 举报  microRNA及靶基因荧光素酶报告基因技术 2005-05-07 22:14 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里？  复制网址  新浪微博  豆瓣社区  腾讯微博  开心网  人人网 这个我check了一下，主要的问题出在NCBI数据库和Ensemble数据库之间的融合性上，也就是说目前二者之间的统一性与一致性还有一些小小的运转不灵。

解决方案：

 246 1，我说过你可以看到四项：

1)Ensembl GeneView 2)GENATLAS 3)GeneCards 4)GeneClinics/GeneTests

丁当

第一项不行，其他的试试，当看到第三项GeneCards的时候就会发现CXCR4的蛋

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2，点击进去会看到相应的核酸序列的Ensemble注册号：ENSG[1**********]。点击去就回看到你要找的东西了。

3，这时候你会注意到Ensemble给的ID是CXCR4_HUMAN ，而NCBI给的ID是CXCR4,用CXCR4检索Ensemble数据库确实不能检索到任何东西，而用CXCR4_HUMAN 作关键词就可以。

所以，问题出在这两大数据库之间命名的一致性上，偌大的两个数据库，肯定大量存在这种问题，所以，我上门查找启动子的根本思路就是找到Ensemble注册号，不要局限于一种方法，get it！！

Good Luck！！

Sadas Dasd Asd

Asd asd

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