植物抗病基因的几个结构域
科技信息○科教前沿○SCIENCE&TECHNOLOGYINFORMATION2008年第15期
植物抗病基因的几个结构域
(1.河北大学生命科学学院
河北
赵丽坤1苏维2
保定071002;2.河北大学附属医院
河北
保定
071000)
摘要】研究抗病基因的结构对于植物抗病工程的发展具有很重要的价值。对已克隆出的植物抗病基因研究表明,大多数的抗病基因都【
具有高度保守的结构域,本文对在植物抗病反应中起主要作用的几个结构域(LRR域、TIR域、CC域、Kinase域和NBD域)做了简要阐述。
关键词】抗病基因;抗病蛋白;
结构域【
1.引言
植物与病原间的相互识别及其随后诱发的一系列反应,是植物抵抗各种病原体(真菌、细菌、病毒)侵染的关键环节。而在最初的信号识别和随后的信号传递过程中,植物抗病基因起着很重要的作用。就目前已克隆出的抗病基因来看,它们之间有惊人的相似也具有各自的特点,相似性反映出抗病机制的高度保守性,而不同特点则反映出抗病机制的特异性[1]。众所周知,克隆抗病基因进行抗病育种是当前最有效也最不易污染环境的防治植物病害的方法。研究抗病基因的结构对于新的抗病基因的分离以及植物抗病工程的新发展无疑都具有很重要的价值。已克隆的R基因虽然在核苷酸水平上保守性很低,但它们在氨基酸水平上却有着极高的相似性,而且这些保守区域很可能在植物抗病反应中起着一定的作用。本文谨对植物抗病基因的保守区LRR域(Leucine-RichRepeat,富亮氨酸重复序列)、TIR域(Tollandinterleukin-1receptor-likedomain,与果蝇Toll蛋白及哺乳动物白细胞介素-1受体相似的区域)、CC域(coiledcoil,卷曲螺旋)、KINASE(激酶)域和NBD域(nucleotidebindingdomain,核苷酸结合域)等结构域作一简单介绍。
2.概述
2.1LRR域
LRR结构最初发现于人血清中一种功能未知的
α2-糖蛋白,因亮氨酸在这一结构中呈现规律性重复而得名。已经证
基因对基因理论”的抗病基实除番茄Pto基因外,其它克隆出的符合“
[2]。
因均含有LRR结构,这也许是植物抗病基因的特征结构对猪胰核糖核酸酶抑制蛋白(RI)的晶体结构研究表明,LRR的三级结构类似于拳头或者弹簧,其上的每一个弯曲的突出部分代表一个LRR。许多迹象暗示LRRs的结构域的功能区域并不包含于保守的维持特征结构的疏水残基中,而可能是疏水残基间的或者裸露于LRR表面的氨基酸残基[3]。目前已发现的在进化地位和功能上各不相同的多种含LRR的蛋白质均涉及到了一种相似的功能,即参与蛋白质之间的相互作用,并且其中至少有一半与信号传递途径密切相关。
2.2TIR域TIR域是一类与果蝇中Toll蛋白的胞质信号区域和哺乳动物的白细胞介素-1的受体(IL-R)相似的蛋白质结构域。TIR域在抗烟草花叶病毒(TMV)的烟草N基因中是必不可少的,能够影响果蝇和人类TIR信号传导途径的氨基酸也可以引起N基因功能的部分或者全部丢失。植物的TIR域还与它的R基因的特异性有关,在对亚麻锈菌的抗性中,取代TIR域L6和L7后,R基因的特异性发生改变[4]。说明TIR域不仅参与抗病信号传导还与还控制抗病的特异性。
植物和动物的TIR域也是有差别的,在植物NBD-LRR型R基因中,TIR域处于N末端,而在动物中则处于跨膜受体的羧基末端。TIR域的系统进化树也进一步表明TIR域在动物中可进一步分为Toll类似的和白细胞介素-1受体类似的两个类群。而植物的TIR域以拟南芥整组基因为代表可以分为几个系统群,超过100个基因的一组TIR域可以作为NBD域或NBD-LRR域的一部分;另外一组有30多个基因,由单一的TIR域组成,或者TIR域与其它功能未知的结构域相并
但在所有的禾谷类植物基因组中都没有发现TIR域结构,它们的列[5]。
功能可能被CC域代替了。
2.3CC域CC域是一个包含2-5个螺旋的寡聚螺旋模体。典型的CC结构表现出七个位点的重复,其中前四个残基倾向于疏水性,其它位点则表现出极性。许多双子叶植物和谷类NBD-LRR基因的N末端都含有CC域[6],起到与TIR类似的作用。然而,广谱抗霉菌的RPW8拟南芥R基因的CC域出现在跨膜域或信号肽域的羧基末端。而且表现出与LRR域类似的功能,可以作为受体直接识别霉菌多个生理小种的无毒因子。
2.4Kinase域所有的Kinase域在分子进化上都来自一个单源
系统群,与植物受体激酶最近的真核生物同源物是D.melanogaster激酶,与Pto很相似。番茄Pto基因编码的抗性蛋白激酶与白细胞介素-1受体激酶和pelle蛋白激酶有很大的相似性。这两种激酶都在动物TIR-LRR指导的免疫反应中起作用。蛋白质的磷酸化和去磷酸化以及Pto的活化域都能直接影响Pto和无毒基因之间的相互作用[7]。Pto的功能还需要一个NBD-LRR型的基因———Prf基因的存在。拟南芥的avrPhbB-敏感激酶在功能上与Pto基因类似,它对于抗斑生丁香假单胞菌生理小种5基因来讲很重要,而对于抗斑生丁香假单胞菌生理小种1基因或者斑生丁香假单胞菌生理小种2型的NBD-LRR抗性结构域却不表现这种必要性。
2.5NBD域NBD域也是一类R基因的共同产物,在许多ATP和GTP结合蛋白中都有。烟草N基因的保守核苷酸结合位点例如甘氨酸或赖氨酸的突变会引起N基因功能的丢失。具有NBD域的D301保守的激酶2的突变也可以引起完全的功能丢失。与分化度比较高的TIR/CC和LRR域相比,NBD域相对比较保守。按照它们的保守亚结构单位,可以分为两类:一类在N末端与TIR相连接,在谷类基因组中不含有此类基因群,而且也不能从谷类基因组中扩增;另一类在N末端与CC域相连接,这一组基因存在于单子叶植物和双子叶植物中[8]
。NBD域的几个结构模体表明了其与原核的信号传导途径组氨酸-天门冬酰胺磷蛋白型的受体域的同源性。现在对这一模体还缺乏直接的生化分析。在酵母双杂交体系(two-hybridsystem)中拟南芥RPP5NBD域可以与RelA/SpoT基因同源物相互作用,而在E.coli中这些基因包括在p/pppGpp压力感受分子信号中[9]。
2.6结构域与抗病反应在植物抗病反应中,这些结构域可以简单分为五个范畴:①A:LRR,CC和kinase域起到信号识别受体作用;②B:TIR,CC和CARD(半胱氨酸-天门冬氨酸蛋白酶募集结构域)可能起到信号传递作用;③NBD起到核苷依赖的转换作用;④D:TM域(Transmembranedomain,跨膜结构域)起到跨膜信号传递作用;⑤E:kinase域在信号转换中起到部分作用(图1)。
图1植物抗病反应模式图(参照RobertFluhr[10])
3.结论
如前所述,植物抗病基因及其产物在植物与其病原体的相互作用中起着很重要的作用,对植物抗病蛋白共同的结构域的研究可以帮助我们揭示植物抗病反应过程中的信号传递和相关基因的表达、调控
纯化以及抗病蛋白结构域的互换机理,也必将为抗病基因产物分离、
等研究带来突破性进展。对植物抗病相关基因及其作用机制的深入了解,将有助于促进植物抗病分子育种的发展,最终达到控制病害发生,保障农业安全生产的目的。科
参考文献】【
[1]A.R.FriedmanandB.J.Baker.Theevolutionofresistancegenesinmulti-protein
plantresistancesystems[J].CurrOpinGenetDev,17(6):493-9,(下转第392页)
371
科技信息○IT技术论坛○
●
SCIENCE&TECHNOLOGYINFORMATION2008年第15期
createProcessEventAudit等等,这里就不必一一详述了。
4.改进方向探讨
根据前面的分析,shark本身的工作流程涉及模块很多,而最重要的是WfActivity和WfProcess,其中不乏开发者为了应付多种情况而增加的调度模式和机制,某种程度上来说对于我们社会目前的应用并非必须,而且占用的工作时间较长,对两者的调度改进可以很大程度上提高shark的性能;另一方面的性能的提高点在于数据的交互和存储方面,也有很大的提高空间。科
参考文献】【
[1]范玉顺工作流管理技术基础清华大学出版社2001年4月.
[2]WfMC.WorkflowManagementCoalitionSpecification:Terminology&Glossary.
DocumentNumberWFMC-TC-1011,Brussels,1996.
[3]KarlR.P.H.Leungetal.TheLiaisionWorkflowEngineArchitecture.In:Procofthe32ndHawaiiInt’lConfonSystemSciences,Hawaii,Jan.1999,http://www.computer.org/proceedings/Hiccs2/.
[4]Kwak,M.;DongsooHan;JaeyongShim.Aframeworkfordynamicworkflowinteroperationusingmulti-subprocesstaskResearchIssuesinDataEngineering:EngineeringE-Commerce/E-BusinessSystems,24-25Feb.2002Page(s):93–100.●
[5]http://www.jdon.com/jive/thread.jsp?forum=62&thread=10717&start=
强大的工作流引擎Shark.0&msRange=15
[责任编辑:张艳芳]
但是要求炉具能够提供稳定的热量(上接第366页)冷系统是可行的。
及制冷系统的发生温度,但要使炉具提供较高的温度,则要求炉具能够承受较高的压力,而且密封性要求较好。
(2)降温速度与输入功率的关系可以图中看出,刚开始时制冷系统随着输入功率的增加冷藏室内的降温速度呈增加的趋势,但当输入功率超过0.3kw降温速度有所减缓,制冷系统的热力系数也是这种变化趋势。所以制冷系统存在一个最佳的输入功率约为0.3kw。
这种制冷技术将有更加广阔的发展前景。科
●
参考文献】【
[1]蒋剑春.金淳.生物质能应用技术展望[J].全国清洁能源技术研讨会论文集.
4.结论
由于吸收式扩散式制冷技术主要可以用低品位热源,如煤气、煤
油、低温蒸汽、太阳能等直接产生制冷效果,也可以采用电加热的方式进行供热,所以用生物质能为吸收式扩散式制冷系统提供能量是可行的。由于其所用的制冷工质是氨水,是一种对环境友好型的工质,所以
2001.
导热板”在家用电冰箱上的应用[J].长岭技术.[2]齐跃.吸收扩散式制冷机和“
2002年第4期.48-52.
[3]李化治.崔胜国.王立.对影响扩散———吸收式冰箱COP热力参数的分析[J].低温与特气.2000.12.第18卷第6期.12-15.
[4]李启奈.论扩散一吸收式冰箱热虹吸泵对制冷系统的影响[J].制冷.2006.3.第25卷第1期.15-18.
[责任编辑:田瑞鑫]
●
(上接第371页)Dec.2007.
●
[2]G.vanOoijen,H.A.vandenBurg,B.J.Cornelissenetal.Structureandfunction
ofresistanceproteinsinsolanaceousplants[J].AnnuRevPhytopathol,45:43-72,Sep.2007.
[3]B.C.Meyers,A.W.Dickerman,R.W.Michelmoreetal.Plantdiseaseresistancegenesencodemembersofanancientanddiverseproteinfamilywithinthenucleotide-bindingsuperfamily[J].PlantJ,20:317-332,Nov.1999.
[4]J.E.Luck,G.J.Lawrence,P.N.Doddsetal.RegionsoutsideoftheLeucine-RichRepeatsofFlaxRustResistanceProteinsPlayaRoleinSpecificityDetermination[J].PlantCell,12:1367-1377,Aug.2000.
[5]T.M.Burch-SmithandS.P.Dinesh-Kumar.ThefunctionsofplantTIRdomains[J].SciSTKE,28:401:pe46,Aug.2007.
[6]S.Xiao,S.Ellwood,O.Calisetal.Broad-SpectrumMildewResistancein
ArabidopsisthalianaMediatedbyRPW8[J].Science,291:118-120,Jan.2001.[7]M.R.Swiderski,R.W.Innesetal.TheArabidopsisPBS1resistancegeneencodesamemberofanovelproteinkinasesubfamily[J].PlantJ,26:101-112,Apr.2001.[8]O.Pan,J.WendelandR.Fluhr.DivergentevolutionofplantNBS-LRRresistancegenehomologuesindicotandcerealgenomes[J].JMolEvol,50:203-213,Mar.2000.
[9]E.A.VanderBiezen,J.Sun,M.J.Colemanetal.ArabidopsisRelA/SpoThomologsimplicate(p)ppGppinplantsignaling[J].ProcNatlAcadSciUSA,97:3747-3752,Mar.2000.
[10]R.Fluhr.SentinelsofDiseasePlantResistanceGenes[J].PlantPhysiology,127(4):1367-1374,Dec.2001.
[责任编辑:张新雷]
(上接第379页)
数据集名称
属性选择前
属性选择后
[1]郑纬民,黄刚.数据挖掘纵览[J].计算机世界报.1999.05.[2]毛国君.数据挖掘原理与算法[M].清华大学出版社.2005.07.
annealanneal.ORIG
bcwobreast-w
20.378624.16484.00574.0057
16.369716.36975.15025.4363
[3]A.E.EibenandJ.E.Smith.IntroductiontoEvolutionaryComputing[M].2003.[4]J.Han,M.Kamber.数据挖掘:概念与技术.北京.机械工业出版社[M].2004.
10-100.
[5]R.KohaviandG.H.John.WrappersforFeatureSubsetSelection.ArtificialIntelligence[J],1997,273-324.
[6]A.L.BlumandR.L.Rivest.Traininga3-nodeneuralnetworkisNP-Complete[J].NeuralNetwork,1992,5:117-127.
作者简介:韩萌(1982—),女(回族),硕士研究生,主要研究方向为计算机网络。
郭维维(1983—),硕士研究生,主要研究方向为数据挖掘。
3.总结
本文改进的属性选择算法能够显著降低建立分类器的时间和测试的时间。但是这种时间上的降低却严重损失了分类的效果,即使得使用属性选择方法后的分类错误率比没有使用属性选择之前的分类错误率有所降低。科
参考文献】【
[责任编辑:汤静]
392