绵羊角蛋白关联蛋白8_2基因克隆与表达分析_张立春
():中国畜牧兽医 2015,421231403145-
China Animal Husbandr&VeterinarMediciney y
doi10.16431.cnki.16717236.2015.12.005-j
绵羊角蛋白关联蛋白8.2基因克隆与表达分析
张立春1,曹 阳1,孙福亮2,尹 峰3,朴庆林1,王晓阳1,金海国1*,张明新1*
(吉林省农业科学院畜牧科学分院,公主岭1延边大学农学院,延吉11.36100;2.33002;
)吉林农业大学动物科技学院,长春23.52059
(,)摘 要:本研究旨在克隆绵羊角蛋白关联蛋白8.基因mR2keratinassociatedroteinKAP8.2NA并分析该基因- p在不同组织器官的表达分布。首先提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,RT-PCR方法克隆实时荧光定量PKAP8.2基因并进行两个品种间的比较分析,CR方法分析两个品种间KAP8.2基因的表达谱差,,异。结果表明已成功克隆出绵羊KA该片段长5其中O编码6P8.2基因mRNA,74bRF区192b3个氨基酸,pp))甘氨酸(和酪氨酸(含量依次为2属于典型的HGGlTr3.8%和20.6%,T-KAP家族。多态性分析显示新吉细yy毛羊与小尾寒羊KA多态位点多位于C其中小尾寒羊KAP8.2基因间存在丰富的多态性,DS区两侧,P8.2基因3′UTR区c192+19-39出现一个疑似frulet7--j的作用靶位。不同组织表达谱分析显示该基因为多组织表达基但两个品种羊不同组织表达谱存在较大差异,表现为小尾寒羊在脾脏、肝脏和皮肤中高表达,而新吉细毛羊则因,
在皮肤和心脏中高表达。本研究提示小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8.2基因在基因多态性还是组织表达分布上存在显著差异,提示该基因与毛表型性状相关。
关键词:新吉细毛羊;小尾寒羊;基因克隆KAP8.2基因;
()中图分类号:Q786 文献标志码:A 文章编号:16717236201512314006---
CloninandExressionPatternAnalsisofKAP8.2GeneinShee gpyp
11231
,C,ZHANGLichunAO YanUNFulianINFenIAO Qinlin - - -g,Sg,Yg,Pg
11*1*
,ZWANGXiaoJIN HaiHANG Minxinanuo -y-g-gg,
(,C1.BranchoAnimal HusbandrJilin AcademoAriculturalScience,Gonzhulin36100hina; f y,yf ggg1
,C2.AriculturalColleeoYanbian UniversitYani133002hina;3.ColleeoAnimalScience & ggf y,jgf
,CTechnoloJinlin AriculturalUniversithanchun252059hina) gy,gy,Cg
:)AbstractTheobectofthisstudwastoclonetheKeratinassociatedrotein8.2(KAP8.2ene - jypg attern.InfromSmalltailHansheeandXiniFineoolsheeandtestthetissuesexression - -w pjppp
,,thisstudthetotalRNA wereextractedfromdifferenttissuesfirstlandKAP8.2genewas yy,clonedbRT-PCR.IntheendthedifferentexressionatternsofKAP8.2geneinSmalltail -ypp HansheeandXiniFineoolsheewasdetectedbQRT-PCR.Thecloninresultsshowedthat -w pjpyg
,theKAP8.2genewereclonedandthelenthofKAP8.2mRNA was574bcontainina192b gp,gp ORFwhichencodedaroteinof63aminoacids.TheseKAP8.2genebelonedtheticalHGT -pgyp
KAPfamilbecausetherateofandtrosinewere23.8%and20.6%,resectivel.Thelcine yypygy olmorhismanalsisshowedthatthereweresomeolmorhismsinKAP8.2geneandalmost pypypypSNPslocatedonbothsidesofCDSreion.Thereionwhichlocatedonthe3′UTRc192+19-39 ggofKAP8.2fromSmalltailHansheemihtbethetaretoffrulet7.Theexressionattern - -- pggjpp
,showedthatKAP8.2genewasamultileoransexressioneneandthereweresinifianalsis -pgpggy
收稿日期:20150515--
);)基金项目:国家8吉林省农业科技创新工程项目;国家科技部“十二五”科技支撑计划(63计划(2013AA1025062011BAD28B0515--,:_作者简介:张立春(男,黑龙江嫩江人,博士,副研究员,研究方向:动物生物技术,1977E-mailzhanlich63.com-)@1g:金海国,教授,E-mailkhk1962@163.com*通信作者:
:张明新,研究员,E-mailzmxin63.com@1
2期 1张立春等:绵羊角蛋白关联蛋白8.2基因克隆与表达分析
3141
cantdifferencesinexressionatternsofKAP8.2geneinSmalltailHanandXiniFineool - -wppj
,shees.InSmalltailHansheeKAP8.2genewasoverexressedinsleen,liverandskinbutin - - pp,pp,XiniFineoolsheeKAP8.2genewasoverexressedinskinandheart.Inconclusionthere -w - jp,psinificantdifferencesinandexressionbetweenSmalltailHaneneolmorhismsatternwere - ggpyppp
sheeandXiniFineoolsheeandtheresultsuestedtheKAP8.2geneassociatedwithsome -w jp,ggp henotesofwool. pyp
:;eneKewordsKAP8.2geneXiniFineoolsheeSmalltailHansheeclonin -w - gjp;p;gy rotein,keratinassociated 角蛋白关联蛋白(- p
作为毛纤维基质的重要组成部分,通过二硫KAP)填充于角蛋白中间丝周键与角蛋白中间丝交联,
1]
。典型的KA围[甘氨酸和P蛋白富含半胱氨酸、
依据3种氨基酸含量差别,酪氨酸,KAP蛋白家族
寒羊,其中新吉细毛羊为吉林省农业科学院畜牧科学分院新近选育的超细型新品系,小尾寒羊为市售纯种小尾寒羊。本试验所用样品主要包括肩胛后皮肤毛囊组织和其他实质组织器官。不同毛囊周期皮肤毛囊组织样品具体采集方法为:用打毛剪对试验剪切0.羊肩胛局部剪毛,70%酒精消毒,5mm的皮肤浸入R其他实质组织器官样品主NAlater液中;肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、脑、卵巢要包括心脏、
具体采集过程为:屠宰场标准流程屠宰试验羊,等,
分别采集一定大小各组织器官样品,浸入RNAlater保存液中,运送至实验室-80℃保存。1.2 主要试剂
RNAlater购自QIAGEN公司;Trizol购自
Invitroen公司;MD18DNaseⅠ、Aarose-T载体、gpgGelDNAPurificationKit及ExTaaKaRa q酶均购自T公司;定量PCR试剂LihtCcler480SYBRGreenⅠ gyMaster购自罗氏公司。
1.3 总RNA提取与cDNA合成
新吉细毛羊与小尾寒羊皮肤毛囊组织与其他实质组织器官总R简要方法NA提取采用Trizol法,为:将150mNAlater保存液中取出,g组织块从R转入含有1mLTrizol液与磁珠的1.5mL螺口离 心管中,将上述离心管固定于组织匀浆器中,4ms震荡研磨,提取各组织总RNA。提取的总RNA用琼脂糖凝胶电泳鉴定RDEPC水充分溶解,NA完整性,紫外分光光度计检测其纯度与浓度,-70℃保存备用。cDNA合成前总RNA用DNaseⅠ处理确保不存在DNA污染,cDNA合成反应参照
反转录试剂盒进行,具体步骤按说明书PrimeScritp进行。
1.4 引物设计与合成
目前GenBank数据库中尚未登录绵羊KAP8.2基因信息,考虑到KAP基因家族为单外显子基因,本试验将山羊KAP8.2基因与绵羊全基因组比对。以比对基因组序列为模板设计克隆引物,待基因设计定量P同时mRNA克隆测序完成后,CR引物,
,)KA可分为高硫(超高硫(hihsulhurHSP、ultra gp
,hihsulhurUHS)KAP和高甘氨酸/酪氨酸 gp
[]
(/,hihtrosineHGT)KAP3种2。其中lcine ggyy
表达顺序稍HGT-KAP主要表达于皮质层细胞中,3]
。不同种类毛发中落后于角蛋白中间丝基因[
在人头发中HGHGT-KAP含量变化较大,T-KAP
含量仅为3%,小鼠中含量为1而在鼹鼠针毛中8%,
[]HGT-KAP含量高达30%~40%4。不同品种绵
如英国林肯羊和羊中HGT-KAP含量变异亦较大,
美利奴羊之间,HGT-KAP含量在4%~12%之
5]
。毡用毛中由于突变导致HG间[T-KAP基因表
致使毡用毛甘氨酸/酪氨酸含量降低,提示达下调,
[]
HGT-KAP与羊毛品质密切相关6。绵羊HGT-
美利奴羊中该区域KAP基因家族位于1号染色体,
与羊毛纤维直径QT提示HGL座位相邻,T-KAP[]
基因家族与羊毛细度直接相关7。HGT-KAP家族主要包括KAP6、KAP7和KAP8。进一步划分
)和HG为HGTⅠ型蛋白(KAP6TⅡ型蛋白(KAP7
[8]
)。人KA和KAP8P8基因中仅含有一个功能性
但最近陆续发现在山羊及绵羊中还存KAP8基因,
在KA证实了KAP8.2基因,P8家族物种间的差
9]
。本研究团队在以往的研究中成功克隆出异[
鉴于此,本试验以小尾KAP8.1基因mRNA序列,
通过对两个品种羊寒羊与新吉细毛羊为研究对象,
基因多态性分析及不同组织器KAP8.2基因的克隆、
官的表达差异分析,以此探讨该基因对小尾寒羊与新吉细毛羊两个品种间羊毛性状极端表型差异的影响。
1 材料与方法
1.1 样品采集
试验动物为9~10月龄雌性新吉细毛羊和小尾
3142
中 国 畜 牧 兽 医42卷
以绵羊β引物actin基因为内参基因设计内参引物,-
序列信息见表1。引物由哈尔滨博仕生物有限公司
表1 引物序列信息及扩增产物
Table1 Theseuencesandtherimerroducts qpp引物PrimerssKRTAP8.2CsKRTAP8.2Qactin- β
)引物序列(5′′→3Primerseuences q
合成。
)片段长度(bpProductlenth g
574 149 98
退火温度(℃)Annealintemeraturegp
626262
F:GTGGGTATTTGTTGCCACACC
R:TCAACCAGAATTTAGGGGGAACAF:TGAACTGTGCAAAGTCGAGTGA R:TCAACCAGAATTTAGGGGGAACAF:CCGCAAATGCTTCTAGGCGG TCGCACGAGGCCAATCTCATR:
1.5 PCR扩增与基因克隆
基因扩增以皮肤毛囊组织cDNA为模板,PCR/反应体系为:10×PCRBuffer2.5μL,2.5mmolL
/下游引物各Mix2.5μL,10μmolL上、dNTP /1μL,0.5ULTa2μL,cDNA模板1μL, q酶0.μ
ddH2O补足体系。PCR反应条件为:94℃预变性
;,,2min94℃变性30s62℃退火30s72℃延伸,30s35个循环;72℃延伸5min;12℃保存。扩增
与p产物经琼脂糖凝胶电泳检测及胶回收,MD18-T载体连接,经大肠杆菌DH阳性5α感受态细胞转化,克隆委托生物公司测序,测序结果进行生物信息学分析。
1.6 实时荧光定量PCR检测
实时荧光定量PCR采用LihtCcle480Ⅱ定 gy量PCR仪。反应体系20μL:ddH2O8.6μL,10倍
稀释后的cDNA模板1μL,LihtCcler480SYBR gy/下游引物各GreenⅠMaster10μL,10μmolL上、
;0.2μL。PCR扩增程序为:95℃15min94℃,,15s62℃30s40个循环。扩增结束后进行产物
熔解曲线分析。每个品种检测两个个体,每个样品
t
法进行数据重复进行3次。检测结果利用2-△△C10]
。分析并绘制柱形图[
现为起始位点不同,终止位点相同。第1个ORF区编码7第2个O231b7个氨基酸;RF区192bp,p,
编码6具体核苷酸及氨基酸序列见图3个氨基酸,2。将第1个ORF与第2个ORF编码蛋白差异序列进行比对分析,结果并未发现在哺乳动物中存在类似氨基酸区段,提示第1个ORF编码蛋白在绵羊)。绵羊KA体内可能并非真实存在(图2P8基因家族KAP8.1与KAP8.2氨基酸比对发现两者间同但差异多位于蛋白两端,位于蛋源性仅为68.25%,)富集区则白中间部位的甘氨酸(GlTr-酪氨酸(y)y。蛋高度保守,表明2个蛋白具有相似功能(图3)白基本理化性质预测发现绵羊KAP8.2理论等电
为典型的酸性蛋白。G点为5.87,ly含量达到而T为该蛋白含量最高23.8%,r含量达20.6%,y
的两类氨基酸。区别于Ⅰ型HGT-KAP,Ⅱ型)与HGT-KAP蛋白中还含有较高的苯丙氨酸(Phe
),半胱氨酸(绵羊KACsP8.2基因中,Phe含量为y而C9.5%,s含量仅为3.2%,Cs含量远小于yy从蛋白组成上证明KAKAP8.1,P8.2与KAP8.1蛋白之间的差异
。
2 结果与分析
2.1 绵羊KAP8.2基因克隆与序列分析
以新吉细毛羊与小尾寒羊皮肤毛囊组织cDNA为模板,RT-PCR扩增电泳检测结果显示已成功扩。扩增产增出特异性条带,片段约为6图1)00bp(物回收克隆测序结果与GenBank数据库比对发现所克隆的基因为KAP8.2基因。片段长度为
分析显示该片段包含2个完整O表574bRF区,p,
;新吉细毛羊;小尾寒羊M,DL2000DNA Marker1,2,
;;M,DL2000DNA Marker1,XiniFineoolshee2, -w jp
SmalltailHanshee- p图1 绵羊KAP8.2基因RTPCR扩增结果-Fi.1 TheresultofsheeKAP8.2genebRTPCR -gpy
2期 1张立春等:绵羊角蛋白关联蛋白8.2
基因克隆与表达分析
3143
灰色区为第1个O方框标示为第2个ORF;RF
;ShadowareawasthefirstORFBoxlabeledwasthesecondORF
图2 新吉细毛羊KAP8.2基因核苷酸及氨基酸序列Fi.2 NucleotideandaminoacidseuencesofKAP8.2geneinXiniFineoolshee
-w gqjp
图3 新吉细毛羊KAP8.1与KAP8.2基因氨基酸序列比对Fi.3 ThealinmentofaminoacidseuencesbetweenKAP8.1andKAP8.2genesinXiniFineoolshee -w ggqjp
2.2 新吉细毛羊与小尾寒羊KAP8.2基因多态性选取小尾寒羊与新吉细毛羊各5只,分别扩增结果发现两个品KAP8.2并进行序列多态性分析,种KA仅cP8.2基因存在9个SNPs位点,150位点且未引起氨基酸序列的改变。其位于cDNA区内,,他8个突变位点位于UT表2)值得注意的R区(
不同个体KA是,P8.2基因不同位点存在多态性的更为重要的是大部分位点表现为品种特异性。同时,
、由表2可知,c72c192+14、c192+17、c192+24和-
表2 小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8.2基因多态性
提示c192+95位点表现为种内相同而种间不同,
KAP8.2基因在两个品种间具有较大的遗传距离。由于KA本P8.2基因多态位点多位于3′UTR区,试验对3′UTR序列进行了microRNA靶位预测,结果显示小尾寒羊KAP8.2基因在c192+19-39,出现一个疑似f图4)目前尚rulet7--j的作用靶位(不清楚绵羊中是否存在类似于frulet7--j的同源物,如果存在,新吉细毛羊中因c使得192+24突变,作用核心区丧失,从而可能逃避调控。let7-j
olmorhismTable2 TheofKAP8.2geneinSmalltailHansheeandXiniFineoolshee - -w pyppjp
c72-
Xin2-Han1-Han2-
GAA
c35-G A G
c150C C C
c192+14
T A A
c192+17
T G G
c192+24
C T T
c192+41
C C T
c192+95
G A A
c192+158
TT
C
图4 新吉细毛羊、小尾寒羊KAP8.2基因mRNA及frulet7micoRNA序列比对--j
,Fi.4 TheseuencealinmentofKAP8.2genemRNAinXiniFineoolsheeSmalltailHansheeandfrulet7 -w - --gqgjppj
microRNA
2.3 KAP8.2基因组织表达分析
为验证绵羊KA试P8.2基因的组织表达规律,
验采集小尾寒羊与新吉细毛羊心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、卵巢、脑、肌肉及皮肤毛囊组织,通过
3144
中 国 畜 牧 兽 医42卷
实时荧光定量PCR方法检测KAP8.2在不同组织器官中的表达情况。结果显示,KAP8.2基因同样具有广泛表达的特性。为比较不同组织中KAP8.2分布规律,以肌肉组织表达量为基准,分析各组织器官的相对表达量。结果显示,KAP8.2基因在两个品种绵羊中存在完全不同的表达模式,结果见图5。由图5可知,肝脏和KAP8.2基因在小尾寒羊脾脏、
皮肤毛囊组织中高表达,依次约为肌肉组织的27、9和5倍,其他组织除卵巢有2倍上调外基本与肌肉组织持平。新吉细毛羊KAP8.2则主要在皮肤和
表达丰度约为肌肉组织的1心脏中高表达,5和4倍,与小尾寒羊类似,卵巢组织同样有2倍的上调,其他组织如肺脏、肾脏、卵巢和脑组织中两个品种KAP8.2表达趋于一致
。
,,心脏;肝脏;脾脏;肺脏;肾脏;小肠;卵巢;脑;肌肉;皮肤HE,LISP,LU,KIGUT,OVU,BRN,MUS,SKN,
;,;;;,;;;;;HE,HeartLILiverSP,SleenLU,LunKIKidneGUT,GutOVU,OvarBRN,BrainMUS,Musclepgyy
SKN,Skin
图5 小尾寒羊及新吉细毛羊不同组织器官KAP8.2基因表达分布Fi.5 TheKAP8.2geneexressionindifferenttissuesofSmalltailHansheeandXiniFineoolsheeattern - -w gppjpp
码区,也未引起氨基酸的突变,证明两个品种
3 讨 论
小尾寒羊羊毛属于典型的劣质毛,毛内同时存在着绒毛和两型毛,主要用于羊毛毡等低端纺织
11],品[而以新吉细毛羊为代表的超细型细毛羊,毛
KAP8.2基因功能的一致性。由于多态位点主要
提示两个品种间可能存在不同表现为品种间差异,
转录调控机制,小尾寒羊与新吉细毛羊不同组织表达差异检测结果是很好的佐证。由于多态位点主要位于3而3′UTR区,′UTR区作为microRNA重要两个品种KA的靶标区,P8.2基因是否通过3′UTR突变改变m通过microRNA靶位,iRBase网站检索发现新吉细毛羊KAP8.2基因的确因C192+24位点T>C的突变导致疑似frulet7--j作用靶位的丢
[13]
失。截至目前,只在鱼类中发现l哺乳et7-j存在,
质均一,毛细度等相关指标明显优于小尾寒羊,是高
12]
。两个品种羊毛极端档纺织面料的主要原材料[
表型差异主要由其遗传基础所决定。本试验通过对两个品种羊与羊毛性状密切相关的KAP8.2基因揭示该基因在两个品种的克隆及一系列比较分析,
羊间的差异,阐释该基因在羊毛毛用性状形成中的作用。
至目前为止,仅在山羊与绵羊中发现KAP8.2基因的存在,本试验分析发现尽管所克隆到的但其KAP8.2基因在mRNA长度上存在较大差异,
编码蛋白长度却较为一致;尽管两个蛋白同源性只有6但位于蛋白中心G8.25%,lr富集区高度-Tyy
9]
。多态位点多保守,说明两个蛋白功能的相似性[集中于蛋白N端与C端,提示两者间存在着细微差别与功能上的互补性。小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8.2多态性分析结果表明两个品种间尽管存在
较高的多态性,但多态位点主要位于mRNA的非编
本试验以f动物中并未发现let7rulet7---j类似物,j成熟microRNA序列和Stemloo-p序列对绵羊基因组进行基因检索,发现绵羊基因组中存在多处与鉴于不同物种间lfrulet7et7---j高度同源的位点,j
[14]
家族高度的保守性,绵羊中完全可能存在let7-j。
这也是不同品种KAP8.2基因表达差异调控研究的主要方向。
但并非全部为皮肤毛囊特KAP家族成员众多,
15]
,本研究结果显示绵羊KA异性表达基因[P8.2基
因具有多组织广泛表达的特性外,不同组织间存在较大表达差异。KA肝脏、P8.2基因主要在心脏、
2期 1张立春等:绵羊角蛋白关联蛋白8.2基因克隆与表达分析
():Electron MicroscRev,1991,414783. -
3145
脾脏和皮肤组织中高表达。而品种间比较发现,新吉细毛羊皮肤组织KAP8.2表达量显著高于小尾寒羊,该研究结果与绒山羊KAP8.2基因的表达相
16]
。不同品种绵羊中KA近[P8.1基因表达检测显17]
,示毛用型绵羊显著高于肉用型[与本试验结果相
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一致。作为毛纤维结构蛋白,KAP8.1和KAP8.2基因的表达规律与两个品种羊皮肤生理结构密切相关,具体表现为小尾寒羊毛囊多为初级毛囊,而新吉细毛羊毛囊多为次级毛囊,小尾寒羊皮肤毛囊密度显著低于新吉细毛羊,另外从毛结构角度来看,小尾新吉细毛羊则为无髓毛,而寒羊毛主要为有髓毛,
其主要表达于KAP家族蛋白主要构成毛纤维皮质,
次级毛囊组织,因此新吉细毛羊皮肤KAP8基因高表达是其生理特征所决定的。其他组织如肝脏和脾脏中小尾寒羊与新吉细毛羊间KAP8.2基因的表该结果同样与绒山羊KA达差异也较大,P8.2基因表达相一致
[16]
,但目前除明确KAP8基因参与毛发
生长发育的功能外,尚不清楚其是否具有其他的生理功能。小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8.2基因存在较大的多态性差异,这种差异可能引起基因表达目前尚不能做出小尾寒羊与新吉细毛羊调控变化,
品种间KAP8.2基因遗传和表达差异与其毛用性状的表型差异存在必然联系的结论,该方向将是今后开展绵羊KAP8.2基因研究的重要切入点。参考文献:
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(责任编辑 晋大鹏)