ImageJ-自动数细胞以及定量分析荧光强度的步骤
使用ImageJ软件自动数细胞以及定量分析荧光强度的步骤.
ImageJ的主面板:
打开文件
File ￫ Open ￫’.zvi’
先把2D的所有图叠加起来,选项选max intensity
Image ￫stacks ￫ 3D project
复制一张图:
Image ￫duplicate
调整Thereshold,实际上是选择想要纳入计算的细胞的区域,选定的区域会用红色高亮标记:
Image ￫Adjust ￫ Threshold
如果觉得背景太强可减去背景:
Process ￫ Subtractbackground
当红色高亮标的斑块就是想要的细胞时,点击Apply
Image ￫Adjust ￫ Threshold￫ apply
有些细胞叠加,可用watershed自动划为两块斑块.
Process ￫ Binary ￫ watershed
设定参数,在这里redirected to...不能选择已经标记的这张图,实际上这张已经被转换为二进制图,只有黑和白二色,要选择adjust thereshold之前的那张,这就是为什么3D Z-stack之后要多复制出一张图.
Analyze￫ Set measurements (Redirected to… greyscale image)
然后点击
Analyze ￫ Analyze particles
我的细胞大小大概是5μm,我手动画了个圈面积大概是250pixel^2,所以这里我选
size是250-infinity.因为我只感兴趣荧光平均值,如果要定量细胞大小,可能要选250-350,否则
有些叠在一起的细胞会被当做一个细胞来计算
Size(pixel^2)=250
Soma size=5 μm ^2
5μm=31.25 pixel
5 μm ^2=244pixle^2≈250pixel^2
show里面选择outline也很好,可以自动圈出细胞
Show: outlines￫ OK
过几秒钟,这个图就出来了同时还有result 和summary,是excel表格,可以保存.
然后就可以得到图片中细胞数量,荧光强度平均值,最大最小值等等数据.看这张圈圈图,还是很帅的,呵呵.这些步骤还是很烦的,小水獭刚弄的时候几次想放弃,步骤太多,前后次序不能乱,小水獭表示为什么不能更加简便一些,不就是画圈圈么,汗//b不过处理了50张图以后,小水獭表示短期内还是能记住这些步骤的,于是在博客里保留一个中文使用说明,以助他日之用.
http://bbs.sciencenet.cn/thread-210524-1-1.html这篇步骤特别清楚.
来自陆绮科学网博客。链接地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-5525-729670.html
参考文献:
http://www.unige.ch/medecine/bioimaging/tricks/imagejtutorials/Quantification.pdf
http://sciencetechblog.com/2011/05/24/measuring-cell-fluorescence-using-imagej/