农村资金互助社与农村合作基金会的区别
农村资金互助社 则是由乡镇、行政村农民、农村小企业出资入股组成，由10名以上符合银行业监管部门规定要求的社员发起设立的，其产权制度是非常清晰的，即入股的农民和农村小企业，并以其出资额承担有限责任。
农村合作基金会是在20世纪80年代中期家庭承包导致人民公社解体后，各地在对集体资产清理过程中实行“清财收欠，以欠转贷”而产生的。考虑到集体资金只是一个可以抽走的“准资本金”这一事实，乡镇级农村合作基金会的实际所有者是地方政府 农民合作社，而不是集体。基金会的控制和管理者主要是乡（镇）农经站，其信用由政府背书。
受国家农村金融新政的鼓励，农民信用合作组织近年来蓬勃发展,并在吉林梨树、安徽凤阳、江苏盐城、河南信阳等地开始形成扎根连片、遍地开花之势。据中国社会科学院农村发展研究所副所长杜晓山教授统计，仅到2008年底，没有注册的村级资金互助组织就达到4000多家。农村资金互助社.农村资金互助社.农村资金互助社.农村资金互助社.农村资金互助社.
农民资金互助合作社 尽管如此，一些地方政府和地方银监部门却还停留在过去的思维里，将农村资金互助社等同于农村合作基金会，就如同前几年将合作社等同于人民公社一样，极大地阻碍了农村资金互助社的发展。殊不知此马非彼马，二者有着根本的区别。为了更帮助大家厘清二者的区别，以下，笔者主要从组织性质、组织经营和发展前景三大方面，详分诸多细项来对二者进行比较说明。
在组织性质上，农村基金会是官办性质的金融机构，而农村资金互助社则是以农民为主体的社区性信用合作组织 农民合作社。
尽管农村合作基金会也要求设立社员（代表）大会、理事会、监事会等“三会”治理结构，由于其产权不明晰，管理上又被地方政府把持。
农村资金互助社的产权是非常清晰的，由全体出资社员组成社员（代表）大会，选举省理事会和监事会，对农村资金互助社进行监督和管理。
不仅如此，为了吸取农村基金会的教训，银监会不仅在《农村资金互助社管理暂行规定》中专门列有一章，详细规定了“三会”的产生方式和治理机构，并且明文规定“执行与农村资金互助社业务有关公务的人员不得担任农村资金互助社的理事长、经理和工作人员”，以防止农村资金互助社被政府控制。而农业部一九九五年四月十九日发布《农村合作基金会登记管理办法》，仅一句话规定农村合作基金会要“有健全的组织机构。包括会员代表大会、理事会、监事会及其办事机构”。
2.在资金来源方面，集体资金本来是农村合作基金会的最初的基本资金来源，人民公社解体时的产权改革发生在大队以下，公社一级占有的集体资产已经被乡镇政府及其部门实际控制。所以，在大多数乡镇级并没有“集体”资金。有的地方乡镇级合作基金会一开始就靠吸收股金或者借贷资金进行运作。因此，农村合作基金会高息公众存款为主要资金来源；而农村资金互助社的主要资金来源为“社员股金+社员存款+银行借款”。.农村资金互助社.农村资金互助社农村资金互助社.农村资金互助社.v.
3.在组织内控能力上看，农村合作基金会由于“三会”治理结构的虚置，自律能力非常低，监管成本高企；而农村资金互助社实行民主管理，有监事会和广大社员的监督，自律能力较高，监管成本低。因此，基金会经常会出现“一言堂”等内部监督机制形成虚设的局面，而互助社则能防止有效地这种情况的出现，从而也就可以避免内部的管理风险，以及由此引发的风险扩散问题。
4.在利益分配上，农村合作基金会由于为政府服务的目标和管理混乱，只能以高息招揽会员入股，支付会员股息。但是，一旦内部的经营风险出现，股东尤其是中小股东，一定是血本无归，这正是后来的事实。而，农村资金互助社则严格执行股金分红和按交易额二次返回的制度。而且，再加上其以人头数而非以股权为主的投票表决机制，能够从根本上维护股东尤其是中小股东的各项权益。
5.在合作制性质上，农村合作基金会是地方乡镇政府的提款机，从根本上讲是打 农民合作社之虚名，行政府意志之实；而农村资金互助社则是治理结构健全的、以农民为主体的、为农户服务的真合作制。农村资金互助社v.v.v.v农村资金互助社农村资金互助社.农村资金互助社.农村资金互助社农村资金互助社
6.在最后风险承担人上，由于农村合作基金会是官办机构，由政府信用背书，最后的风险也由政府来买单。但是，政府买单并不意味着股东权益没有风险。相反，事实的情况是，在1999年国务院3号文件宣布取缔农村合作基金会后，其主要责任人大都受到责任追究，连一些大股东的权益都不能保证，更不用说保障中小股东的权益。而，农村资金互助社作为独立的市场法人主体，其风险的最后承担则以入股社员的出资额承担有限责任，可谓权责清晰。