医学信息检索201511
医学信息检索与利用
大数据时代
截止到2011年,全球信息总量已经突破1.8千万兆亿,并不断
以惊人的速度膨胀并变大,这意味着¡大数据时代已经降临。
曾经,我们为资源不足而发愁;如今,我们却面临信息超载、
信息冗余、信息污染。
小概念:
1、主题词:又称叙词(Descriptor)是自然语言的规范化用语,如主题
词“获得性免疫缺陷综合征”涵盖了“艾滋病”“AIDS”“爱滋病”等词语。您在检索课题时,应尽可能采用规范化的主题词进行检索,以提高查全率和查准率。
2、主题词表:CBM依据《中文医学主题词表》进行“主题检索”。《中文医学主题词》包括两部分:美国国立医学图书馆《医学主题词表(MeSH)》中译本(由中国医学科学院医学信息研究所翻译出版)和《中医药学主题词表》(中国中医科学院中医药信息研究所出版)。
主题词
关键词
3、数据库:由计算机进行处理的一定数量同类信息的有序集合,是用来存储
和查找文献信息的电子化检索工具。
数据库例如:企业或事业单位的人事部门常常要把本单位职工的基本情况(工号、姓名、年龄、性别、籍贯、工资等)存放在表中,这张表就可以看成是一个数据库。
4、核心期刊
是指刊载某学科文献密度大、载文率、被引用率及利用率较高,深受本学科专家和读者关注的期刊。
在期刊论文的分布中,存在一种普遍现象;即对于某一特定的学科或专业来说,少数期刊所含的相关情报量很大,而多数期刊的情报量却很小;也就是说,世界上大量的科学论文集中在少量的科学期刊中。这就是所谓的“核心期刊效应”。其结果是产生了各个学科或专业的“核心期刊”。
对中国(不含港、澳、台)出版的期刊中核心期刊的认定,目前国内比较权威的有两种版本:《中文核心期刊要目总览》和《中国科技论文统计源期刊》(中国科技核心期刊)。
5、影响因子(Inpact factor,IF)
指某期刊前两年发表的论文在评价当年被引用的次数与该刊前两年发表发表论文总数之比值。
某刊2009年影响因子=(该刊2007年和2008年发表的论文在2009年的所有被引次数)÷(该刊2007年和2008年发表论文的总数)
由期刊影响因子的计算公式可以知道,期刊的影响因子是一个动态的指标,每年的影响因子不是一成不变的。
所谓影响因子的概念,仅对期刊而言,对于具体的某篇论文,是没有影响因子的,单篇论文只能以被引几次来评价。
6、期刊级别
安徽省普通高等学校教师专业技术资格条件(试行)皖教人(2009)1号
论文分类
7、引文(citation)
引文:是引用文献(citing paper)和被引用文献(cited paper or cited references)的通称,但“引文”更多的是指被引用文献,即原始论文最后所附的参考文献(reference)或脚注。原始论文也称为“引用文献”、“施引文献”、“来源文献”或“引证文献”。
参考文献: 反映原始论文研究工作的背景和依据。“二级参考文献”是指参考文献的
参考文献,进一步反映原始论文研究工作的背景和依据。沿着参考文献查文献越查越旧,可以回溯某一研究文献的起源与历史。
引证文献:也称“施引文献”,是引用原始文献的文献。反映原始文献研究工作的继续、应用、发展或评价。“二级引证文献”是指引证文献的引证文献,更进一步反映原研究工作的继续、发展或评价。沿着引证文献越查越新,可以追踪其最新的进展。
引文数据库利用文献之间的相互引证关系来构造索引系统。从引文索引中查出一批所需的文献后,再利用这些文献的引文查找一批新的文献,这样不仅能获得一定数量的相关文献,还能揭示旧文献对新文献的影响(越查越旧),新文献对旧文献的评价(越查越新),展现新旧文献在学术研究中的关系。同时引文索引又打破了传统的学科分类界限,既能揭示某一学科的继承与发展关系,又能反映学科之间的交叉渗透的关系(越查越深入)。 一、中国生物医学文献数据库(CBM)(网络版)
收录1978年至今1800余种中国生物医学期刊以及汇编、会议论文的文献题录820余万篇,新增1989年以来中文参考文献410余万篇。学科涉及基础医学、临床医学、预防医学、药学、中医中药学等生物医学各领域。全部
题录均进行主题标引和分类标引等规范化的处理。年增文献50余万篇,每月更新。由于CBM数据库中部分记录为计算机标引(机标),尚无主题词,所以检索时主题词检索和自由词检索均应采用,以免漏检。
依具体数据库为例
一、CBM 检索运算符
1、逻辑运算符: AND表示逻辑“与” ;OR表示逻辑“或” ;NOT表示逻辑“非”
如果要调整运算次序,应用括号把需要优先运算的部分括起。
例:禽流感 and (防治 or 预防 or 治疗)
2、检索词含有特殊符号“-”、“(”等,用英文半角双引号标识检索词。 如:“1,25-(OH)2D3”
3、检索词可使用单字通配符“?”、任意通配符“%”。
如:血?动力学 二、检索 1、快速检索
(1)输入单个检索词,自动执行智能检索
(2)可输入and、or、not、()等运算符(英文状态) 检索词之间空格默认为and运算 (3)字段限定(默认、全部字段检索) [字段名] 例:禽流感[中文标题]
(4)限定检索:首次检索结果显示后,可设置年份、文献类型等限定。 (5)二次检索:在当前检索结果中,再次进行and运算 (6)检索历史:可以选择检索语句的编号进行逻辑组配 例1:禽流感 and (防治 or 预防 or 治疗) 结果分析,确定核心著者群、研究点等
2、高级检索
(1)常用字段:包含中文标题、摘要、关键词、主题词4个字段。
(2)构建表达式:只能输入单个检索词,不允许输入逻辑算符;多个字段组配需分别发送到检索框。
(3)智能检索:自动实现检索词、检索词对应主题词及该主题词所含下位词的同步检索。 例:糖尿病视网膜病变的发病机制文献
糖尿病视网膜病变 and (发病机制 or 病机) 详细检索式:
("发病机制"[常用字段] OR "病机"[常用字段]) AND ("糖尿病视网膜病变"[常用字段] OR "糖尿病视网膜病变"[主题词])
3、主题检索
(1)CBM主题标引所用词表
美国国立医学图书馆的《医学主题词表》(即MeSH词表) 中国中医研究院图书情报研究所新版《中医药学主题词表》 ①作用与PubMed中MeSH Database相同。 ②主题词检索的功能:
将非主题词引见到主题词形式;
提供主题词的定义、注释;
显示主题词之间的族性关系(上位词、下位词、同位词)。
③主题索引中提供中、英文两种形式。
(2)副主题词(subheading):限定规范主题词某一方面研究内容的规范词,如: 诊断:诊断,放射摄影术,放射性核素成像,超声诊断等
治疗: 治疗,药物治疗,放射治疗,外科学,膳食疗法,康复,中医治疗相关副主题词等
病因: 病因学, 病理学, 化学诱导,中医病机等
药物作用: 治疗应用,副作用,毒性,中毒等
[例]1 高血压的治疗
点工具栏“主题词”按钮,进入主题词检索;在检索栏中输入高血压,点击查找;选主题词高血压;添加副主题词“治疗”及其相关副主题词;点击“发送检索框”点击“主题检索”。。
"高血压/按摩疗法/膳食疗法/药物疗法/护理/预防和控制/气功疗法/康复/放射疗法/外科学/治疗/穴位疗法/中药疗法/中医药疗法/中西医结合疗法/针灸疗法/中医疗法"[不加权:扩展]
(3)主题词表检索的优点与缺陷
优点:
①同义词、子概念,
如:高血压以及各种类型的高血压;治疗及其下位概念的各种治疗
②提高文献相关度
如:加权(重点论述的主题)
缺陷:
①人工标引速度慢,最新论文未标规范主题词。
②新词、一些很专指的概念没有对应的主题词。
如:舌根癌
③CBM查文献,应同时使用自由词检索,以防漏检。
自由词检索舌根肿瘤治疗文献
舌根 and (癌 or 瘤 or 肿瘤) and (治疗 or 疗法 or 手术 or 切除)
2、 分类检索
提供分类体系检索相关文献
检索输入可以是分类号、分类名
分类体系按中图法逐级细分
3、 期刊检索
提供“分类导航”或“首字母导航”
提供用户从刊名、出版地、出版单位、期刊主题词或者ISSN直接查找期刊 期刊表列出了数据库中收录的期刊名称及其有关编辑部的详细信息
4、 作者检索
通过指定著者单位或机构进行精确的作者检索
5、 机构检索
通过输入机构名称直接查找机构,也可通过分类导航逐级查找所需机构。
机构名支持单字通配符(?)和任意通配符(%)检索,通配符的位置可以置首、置中或置尾。如:北?大学、解放军%医院、%人民医院。
[例]合肥市第一人民医院
8、基金检索
[例] 安徽医科大学国家自然科学基金项目论文
("国家自然科学基金"[规范基金]) AND (安徽医科大学)
可通过输入基金名称或者基金项目(“项目名称”或“项目编号”)直接查找基金,也可通过分类导航逐级查找浏览。
基金名支持单字通配符(?)和任意通配符(%)检索,通配符的位置可以置首、置中或置尾。如:教育?基金、国家%基金、%大学基金。
9、 引文检索
[例]安医大梁朝朝的文章“前列腺炎病因学研究进展”
( (( (前列腺炎病因学研究进展[被引文献题名]) AND (梁朝朝[被引文献作者]))) AND (安徽医科大学[被引文献机构]))
常用字段:由被引文献题名、被引文献出处和被引文献主题三个检索项组成。
被引文献主题:由被引文献题名、关键词和主题词三个检索项组成。
检索历史:最多能保存200条检索表达式,可实现一个或多个历史检索表达式的逻辑组配检索。
10、结果分析:主题、学科、期刊、作者、时间和地区
11、我的空间:我的检索策略、我的数据库
二、中国知网:http://www.cnki.net
“文献”检索标签是在期刊、博硕士、会议、报纸、年鉴库中进行检索。
主题检索是同时在题名、关键词、摘要三个字段中检索。
首页的搜索框不支持or、and等逻辑检索式,建议使用高级检索功能。
(一) 中国学术期刊
期刊全文数据库是目前世界上最大的中国期刊全文数据库。收录了1994年至今的国内9800多种综合期刊与专业特色期刊文献,1800余种核心期刊(部分刊回溯至1979年,部分刊回溯至创刊)。截止2015年7月文献总量为4391余万篇。其内容覆盖自然科学、工程技术、农业、哲学、医学、人文社会科学等各个领域。
更新频次:中心网站日更新,光盘月更新;
出版滞后:电子文献比纸版文献平均滞后两个月。
1、在篇名中检索“高血压治疗”的文献,查看检索历史,写出检索式及检索结果;
2、期刊导航:检索或浏览查看护理期刊共收录( )种;护理核心期刊共收录( )种。
三、万方数据库
收录自1998年以来国内出版的各类期刊7000余种,内容涵盖哲学政治、社会科学、经济财政、教科文艺、基础科学、医药卫生、农业科学和工业技术等各个学科领域。其中核心期刊2800余种,截止2015年7月文献总量为3000余万篇。
科技部论文统计源统计的核心期刊;
独家收录了中华医学会系列、中国医师协会的医学期刊等226种。
更新频次:每周更新两次;
出版滞后:电子文献比纸版文献平均滞后四个月出版。
1、期刊库检索:妊高症治疗
四、维普数据库
覆盖范围:收录了1989年至今涵盖社会科学、自然科学、工程技术、农业、医药卫生、经济、教育和图书情报等学科的12000余种中文期刊数据资源。截止2015年7月文献总量为5000余万篇。
更新频次:中心网站每日更新;
出版滞后:电子文献比纸版文献平均滞后四个月出版。
1、科技期刊库
(1)检索妊高症治疗 同义词
五、通过高校资源共享平台和读秀学术搜索检索文献(http://210.45.97.5/)
1、高校资源共享平台
有关“吸入疗法治疗支气管哮喘”的图书、期刊和学位论文各有多少篇文献,并获取一篇全文。
2、读秀学术搜索
搜索有关“脑缺血再灌注”的相关图书,并获取其中的部分章节。
六、PubMed http://www.pubmed.com
PubMed由美国国立医学图书馆(NLM)、国际MEDLARS成员(中国为第16个成员国)及合作的专业组织共同研制开发,是目前国际上公认的检索生物医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的数据库,也是我国卫计委认定的科技查新必须检索的国外医学数据库。 科学内容:
主要涉及生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究;临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。
2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。
文献来源: 数据库收录1950年以来70多个国家和地区,近5000种生物医学期刊,近年数据涉及37种语种,回溯至1949年的数据涉及60种语种,其中约90%为英文刊物,78%有英文摘要,数据每天更新。提供词汇自动转换检索、截词检索、限制检索、过滤器、全文链接、个性化服务等多种功能。PubMed 的资讯并不包括期刊论文的全文,但可能提供指向全文提供者
(付费或免费)的链接,有5%免费全文。收录中国出版的期刊170余种。数据类型:期刊论文、综述、以及与其它数据库链接。
(一) 基本检索和高级检索
1、自由词检索
对常用医学名词自动在规范词索引(主题词、副主题词、物质名称)中转换、并默认在所有记录字段中匹配。
Cancer自动匹配(规范词(主题词)、索引词、刊名和著者)
(1)asthma AND (therapy OR treatment) 逻辑符大写
(2)Stem cell transplantation[ti](干细胞移植在标题里检索)(限定字段检索)
2、著者检索
(1)smith j smith j[au] 模糊检索 “smith j”[au] 精确检索
(2)检索安徽医科大学张学军教授撰写的文章
(Zhang XJ[Author]) AND anhui medical university[Affiliation]
3、短语检索
慢性脑血管功能不全(chronic cerebrovascular insufficiency)
4、高级检索
Search Builder(检索式编制):检索框中只能输入检索词,不能输入检索式;多个字段检索要分多次输入。
Search History(检索历史):检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数;可组配检索式,如:#1 OR #2;点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。
(1)张学军关于“系统性红斑狼疮Systemic lupus erythematosus”的文章 著者精确检索 "Systemic lupus erythematosus " AND "ZHANG XJ"[AU]
七、济南泉方PubMed文献服务系统 本地PubMed检索系统是华中科技大学同济医学院与济南泉方科技有限公司合作开发的本地化数据库产品,本检索系统产品是在美国PubMed的基础上,参考Web of Science数据库、Google Scholar谷歌学术搜索、德国的GoPubMed等,并结合华中科技大学的创新和泉方公司大数据分析技术,开发出的新一代高水平的外文医学检索平台,为科研和临床提供高效而准确的参考资料。
检索同PubMed Hypertension treatment
济南泉方PubMed全文获取
1、PubMed文献服务系统目前可为读者提供的PubMed文献的全文保障率约为90%,不是100%;
2、PubMed文献服务系统是基于馆际互借的文献传递服务,大部分文献(60-70%)可以在两个小时之内回复给读者,但仍有约30%的文献需要12个小时甚至更长的时间,因为这一部分需要图书馆来扫描;
3、国内出版的文献,请查询国内的数据库(清华同方或维普或万方等),我们不提供馆际互借服务。
八、循证医学文献检索
循证医学的定义是将所能得到的最佳文献证据、医护人员的临床经验、与患者的期望三者相结合,应用于临床工作中。
具体而言,EBM包含五个步骤:
A、将个案的临床数据形成一个可以回答的临床问题;
B、寻找最佳的实证文献证据;
C、对文献进行严格评审;
D、应用在个案患者身上;
E、对以上四点进行稽核,以确保医疗质量。
The Cochrane Library 为医疗人员在大量的医学文献中,选择、摘录合用的医学信息。它可以提供可信赖的参考资源,且快速取得与临床问题相关的研究、评论或评估性文章,同时提供科学的方法,以制定临床个案的理想医疗计划。
The Cochrane Library 是由多个数据库组成,以协助查找可信赖的医疗卫生保健实证,它不仅包含几百种的医学状况,也包含各种不同的主题,如避免受伤、替代疗法和自然疗法是否会影响健康等。
1、 Cochrane Systematic Reviews
探讨预防、治疗和康复的疗效,此设计是用来协助医生、决策者、病人和其它卫生保健相关人员做选择,大部份的Cochrane Reviews 是由随机对照试验 (RCT) 得来,但如果符合条件的话,其它形式的实证数据也会收录。
每一篇评论清楚且明确地陈述问题,例如抗生素可否减缓喉咙发炎的症状?这些研究是通过严谨的方针来确定对某个特定治疗是否有确凿的证据来支持。 如果无法在此找到相关主题的评论,则The Cochrane Library 的其它数据库会提供质量良好的评论和随机试验。
2、Other Reviews(Database of Abstracts of Reviews of Effects,DARE) 该库包括非Cochrane协作网成员发表的普通系统评价的摘要,是对Cochrane系统评价的补充。
3、Clinical Trials (Cochrane Central Register of Controlled Trials)
收录由文献数据库和其它出版来源所出版的临床试验文献,每篇文献包括篇名和来源,部份含摘要。
4、Methods Reviews (Cochrane Database of Methodology Reviews)
收录由 The Cochrane Collaboration 提供的方法学的系统性评论文献全文数据。
5、Methods Studies (Cochrane Methodology Register)
提供临床试验方法的文献,信息来源包括期刊文献、图书和会议录等;这些文献来源包括MEDLINE数据库和人工查找取得。
6、Technology Assessments (Health Technology Assessment Database)
提供卫生医疗技术的评估,包括维护健康所需的预防、康复、注射疫苗、药物、仪器、医疗与外科程序等。此数据库的目的是在改善卫生保健的质量和成本效益。
7、Economic Evaluations (NHS Economic Evaluation Database)
卫生保健的经济性评估的文献摘要;
* 所有The Cochrane Library 访客都可以检索及浏览摘要。
* 个人订户、团体订户和全国使用权的订户都可以检索及浏览全文。
检索The Cochrane Library
http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelibrary/search/
1、浏览
浏览功能:以主题方式浏览评论、新增评论、更新的评论、依字母顺排序的评论或各类评论。
2、 检索
(1)快速检索
只须简单地将你的检索词键入检索栏即可。在此系统设定是从题名、摘要或关键词等字段进行检索,但是你也可以点选下拉屏幕选择其它功能进行检索。
(2) 高级检索
高级检索提供数种方式让你的检索更精准。
Sars treatment
(3)主题检索
MeSH 是美国国家医学图书馆的编制的词表,它是由一系列的词汇以层级方式所组成,可利用MeSH中不同层级的主题词进行检索。MeSH索引中的主题词都已链接到 The Cochrane Library 记录中。
以Asthma为例,可到所有与Asthma相关的描述语清单和相关参照。
在逻辑运算。
八、校外访问图书馆电子资源