QINGEN质粒大提(自己翻译)
QIAGEN 质粒大提
提取前准备:
1. RNase A加入Buffer P1,终浓度100ug/ml,2-8℃保存。
2. 检查Buffer P2中SDS 状态(低温析出),必要的话37℃预热。
3. 4℃遇冷Buffer P3。
准备材料:
1. 标准的细菌培养物品(接种环、培养皿、摇床等)。
2. 架子(垂直放置柱子。)
3. 冰
4. 70%酒精
5. 异丙醇
6. 质粒溶解液(TE ,PH8.0或Tris.Cl,PH8.5)
7. 1.5-2.0ml 离心管
8. 4℃离心机
提取步骤:
A) 细菌培养、收获和裂解
1. 新鲜培养板中挑取单克隆于2-5ml ALB培养基,37℃,300rpm 培养8h 。(使用的培养器皿体积需大于四倍的培养基体积)
2. 按1/500-1/1000比例接种于ALB 培养基,37℃,300rpm 培养14-16h 。高拷贝质粒:取100-200ul 接种于100ml ALB培养基。低拷贝质粒:取250-500ul 接种于500ml ALB培养基。(使用的培养器皿体积需大于四倍的培养基体积。培养的细菌密度达到3-4X10~9个/ml,这样得到的菌斑重量为3g/L培养基)
3. 将获得的菌液4℃,6000g 离心15min 。(如果此时你想停止提取,可将菌斑冻于-20℃)
4. 加入10ml Buffer P1充分重悬菌斑。(确保使用的容器足够装下裂解液,确保使用前加入RNase A,如果Buffer P1内加入LyseBlue, 使用前轻柔晃动瓶身以确保LyseBlue 混匀,必须确保菌斑充分混匀)
5. 加入10ml Buffer P2,轻柔颠倒4-6次混匀彻底,室温(15-25℃)孵育5min 。(不能涡旋混匀,这样会使基因断裂。此时溶液变粘稠。不要使裂解反应过程超过5min 。加入Buffer P2后立即扣上盖子,避免空气中的CO2使其酸化。如果Buffer P1内加入LyseBlue ,那么加入Buffer P2后细菌悬液变蓝,如果悬液不变蓝或仍可见棕色斑块,则继续混匀直到显色)
6. 加入10ml Buffer P3,立刻轻柔颠倒4-6次彻底混匀,冰上孵育20min 。(使用预冷的Buffer P3和冰浴可以加快沉降,加入Buffer P3后可见白色絮状沉淀,沉淀中含有基因组DNA ,蛋白质,细菌碎片
和KDS 。裂解液需彻底混匀以确保钾、硫酸盐沉淀。如果混合物依然有粘性,那么继续混匀彻底中和溶液。如果使用LyseBlue ,蓝色溶液变清。)
B) 提取上清
7. 以4℃,不低于20000g 离心30min ,立刻取含有质粒的上清。(离心前,需再次混匀样品。离心需要在非玻璃器皿中进行,例如聚丙烯。离心后上清液清透。)
8. 以4℃,不低于20000g 离心15min 再次离心,取上清。移取120ul 上清作为样品1,用于分析以确定生长和裂解的条件是否合适
C) 用QIAGEN-tip 连接、清洗和洗提质粒DNA
9. 向QIAGEN-tip 500中加入10mlBuffer QBT 平衡柱子,通过重力使其自然流空。(QIAGEN-tip 需要彻底流干,此过程不需要看守,当液面达到柱子上部时自然会停止。)
10. 将从第8步获取的上清移入柱子,使其自然流下通过滤膜。(上清应该立刻移入柱子。如果时间停滞过长或者因为蛋白的继续沉降使其浑浊,在放入柱子之前需要重新离心。)移取120ul 滤液作为样品2.
11. 用2X30ml Buffer QC冲洗柱子。(Buffer QC自然通过柱子,第一遍冲洗足以将绝大多数质粒污染物洗脱,但是当提取量大时,第二遍就非常重要。)移取240ul 滤液作为样3。
12. 用15ml Buffer QF 洗脱DNA 。(用15ml 或50ml 离心管收集洗脱液。不推荐使用聚碳酸酯离心管,因为不能耐受后续步骤使用的酒精。注:如果产物大于45-50Kb ,65℃预热洗脱Buffer 有助于提高产量。) 移取120ul 滤液作为样品4,用于分析。
D) 沉淀、清洗、溶解DNA
13. 加入10.5ml (0.7倍体积)室温异丙醇到洗脱液中沉淀DNA 。立刻混匀,4℃,不低于15000g 离心30min 。小心弃上清。(一次性锥形底离心管可以选择4℃,5000g 离心60min 。异丙醇沉淀具有玻璃外观,比酒精沉淀的絮状含盐沉淀难发现。异丙醇沉淀贴壁不牢,弃上清时要非常小心。)
14. 加入5ml 室温70%酒精,不低于15000g 离心10min 。小心弃上清避免碰到沉淀。(一次性锥形底离心管可以选择4℃,5000g 离心60min 。70%酒精用来洗脱沉淀的盐,并且挥发的乙醇可以移走残余的异丙醇,是DNA 提取更容易。)
15. 空气中干燥沉淀5-10min, 用合适体积的质粒溶解液(TE ,PH8.0或Tris.Cl,PH8.5)溶解DNA 。(溶解DNA 时清洗侧壁,充分收集,特别是使用玻璃器皿时。应避免使用移液器反复吹打促进DNA 混匀,这可能会导致DNA 断裂。沉淀过于干燥会导致DNA 难以溶解。DNA 溶液最好保存在微碱性环境中,酸性Buffer 难以溶解DNA 。)