清朝军队混乱的组织结构:上面有四个管辖机构
以前，史学界对清末海军军械技术方面的研究较少，很多论调都是用谣言在支持，比如，为了论证北洋舰队军纪涣散，论据是在大炮上晾晒衣服;炮口里的灰尘被东乡平八郎发现;邓世昌在军舰上养狗等。后来的研究通过辟谣，推翻了过去的许多结论。
虽说如今学术研究的发展成果喜人，但有些却把整体实力的缺失归结于简单的偶然事件，例如：如果翁同龢不卡住钱，就可以买更多的船;如果有足够的开花弹，日本联合舰队就全完了。
清朝在甲午战争中的失败，北洋舰队在甲午战争中的惨状，不能片面的以偶然和“如果”洗白。历史上的结果和形成结果的过程，是清朝国防制度的必然，是体制的全面落后所导致的结果。
清朝的军事制度
在光绪三十二年1906年改革以前，清朝的军事指挥体系全部由皇帝本人掌握，皇帝通过亲信秘书班子——军机处发布军令，通过政府机构——兵部掌管军政。全国没有其他的军种司令部和军政部，也没有参谋军官制度。在1906年，兵部改为陆军部，增设海军部管理海军军政。
清朝的武装力量包括：八旗、绿营、勇营构成，其中八旗和绿营是国家正规军，按照专业职能划分为马兵 步兵 守兵三种;勇营是政府雇佣的地主私兵武装力量。八旗的兵役制度是世兵制的全职现役和全职预备役，绿营的兵役最初是募兵制，后来转为世兵制，就是强迫一个家庭世世代代出人当兵的制度。
清朝海军军事制度
清朝在1863年为勘定太平天国叛乱，同英国建立阿斯本舰队，但在该舰队成立刚刚来华一个月多月之后，就因叛乱已经平定，清英双方就该舰队指挥权争执不下而解散。
在1874年，日本借琉球事件侵台后，“总理各国事务衙门大臣”恭王发起，经皇帝谕准，引发晚清史上关于海防建设的著名大讨论。这次大讨论奠定了清朝海军发展建设的基调。
北洋舰队成立以后，清朝的海军军事制度情况是：总理海军事务衙门，在清朝的官制中不是固定正式编制，而是具有临时性质的专差专办机构，是因为洋人突然跑来而被迫应对成立，并不是清政府法理上的六部、九寺、内阁、军机处这样的国家机关。
总理海军衙门的官员，办理大臣醇王 会办大臣李鸿章以下，没有一人是专职，换言之，全清朝没有任何一人对全国的海防建设、海军军政工作专职负责。
清朝海军军官教育的弊端
严重缺乏中高级进阶理论教育，整个清朝无一人接受过正规系统的高级军官理论教育，学历水平最高的20人是英国的尉官。
学校建设缺少正式编制，不隶属于军队而隶属于地方督抚，甚至仅仅是北洋海军提督衙门自办，学校办学质量延续性不足，水平有限。
严重缺少专业理论研究机构，全部海军中，无一单位专职负责军事理论的学习建设工作。
军官教育见习期短，一般均为1年，由于海军本身的规模小、活动少，见习期内的军官候补生难有充分的实践教育。
毕业生安置状况极差，大量接受基础海军军官教育的毕业生在毕业后不能进入海军服役充当基层军官，多是闲置不用、学非所用或者充任学校教官。学校教官逐渐从聘请洋员退化为选调毕业生充任，最后变成前任毕业生教在校生。
由于严重缺少充分的国民基础教育，因此清朝的基层军官教育学制长、投入的经费多，而最终完成的教育水平并不高。
北洋海军的实际性质
清朝不存在实际意义上的皇家海军
北洋海军的大部分军政权和几乎全部军令权都在地方督抚手中，虽然不同于淮军这样的封建私兵武装，但仍然不具备大清朝国家海军的正式建制。
北洋海军没有完善的指挥体系
海军舰队司令部竟然隶属于外交部驻外办事处，舰队司令部以上在中央没有海军总司令部和真正专业负责的海军军政机关，完全就是没娘的野孩。北洋海军的建设，也全凭北洋通商大臣的官场运势，北洋大臣官运亨通则舰队享福，北洋大臣落难则舰队解散。这也是舰队司令丁汝昌在战争中面对军机处、总署、海军衙门和李鸿章四头命令，难以周旋不知听命于谁的直接原因。