多种.植物总DNA提取方法及详细步骤
植物总DNA 提取
一、常用方法 改良CTAB 法(改良自精编分子植物基因工程,王关林,2002
SDS 法(植物基因工程,王关林,高盐低pH 值法(邹喻萍,植物生物学实验指南,原蓝猪耳实验方案,拟采用)
材料预处理:从野外采集的新鲜叶片若比较衰老,运回后可放在4℃的黑暗中饥饿1~2d ,以消耗淀粉和其他多糖。 试剂:
(1) 2-巯基乙醇(2-ME ) (2) CTAB 抽提液 (3) CTAB/ NaCl溶液
(4) 24:1(V/V)氯仿/异戊醇 (5) CTAB 沉淀液 (6) 高盐TE 缓冲液 (7) 70%乙醇 (8) TE 缓冲液 操作:
(1) 称取样品0.2g ,去除表面的
DNA 污染,置于研钵中与液氮共研成细粉。
(2) 将冻粉转入2ml 离心管中,
立即加入1000µl (980+20)预热至65℃的CTAB 抽提
材料预处理:从野外采集的新鲜叶片若比较衰老,运回后可放在4℃的黑暗中饥饿1~2d ,以消耗淀粉和其他多糖。 试剂: (1) 2×CTAB 提取缓冲液
操作: (1) 2ml 离心管中加入1ml 提取缓冲液,65℃预热。 (2) 取0.2g 新鲜幼嫩叶片,于液氮中迅速研磨成粉。 (3) 将呈干粉状态的研磨物迅速转入提取缓冲液中,尽快混2002) 材料预处理:从野外采集的新鲜叶片若比较衰老,运回后可放在4℃的黑暗中饥饿1~2d ,以消耗淀粉和其他多糖。 试剂:
(1) 提取缓冲液:100mmol/L
Tris·Cl (pH8.0)、50mmol/L EDTA (pH8.0)、500 mmol/L NaCl 、10 mmol/L 2-巯基乙醇(2-ME ) (2) 10% SDS (3) 5mol/L KAC
操作: (1) 称取样品0.4g ,去除表面的DNA 污染,置于研钵中与液氮共研成细粉。 (2) 将冻粉转入2ml 离心管中,加入提取缓冲液900µl (自注:观察此用量合适否),轻学报,1994) 材料预处理:从野外采集的新鲜叶片若比较衰老,运回后可放在4℃的黑暗中饥饿1~2d ,以消耗淀粉和其他多糖。 试剂:
(3) 提取缓冲液:100mmol/L
NaAC (pH 4.8)、50 mmol/L EDTA (pH 8.0)、500 mmol/L NaCl 、1.4% SDS ,此种介质刚好为pH 5.5。
(4) 2.5mol/L KAc(pH 4.8)
操作:
(1) 称取样品0.4g ,去除表面的
DNA 污染,加入少许PVP40(相对分子质量为40 000)
置于研钵中与液氮共研成细粉。
(2) 迅速加入2ml 预热至65℃的
液,于65 ℃温育30min (10~60 min ),并经常温和混匀。
(3)
放至室温,加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1)抽提匀浆液,颠倒使充分混合,于4℃,7 500g(对于小样品,在离心机上以10000 r/min)离心5min 。
(4)
将上清液转移至新的离心管中,加入1/10体积的65℃的CTAB/NaCl溶液,颠倒充分混匀。
(5)
再次加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1),颠倒使充分混合,于4℃,7 500g(对于小样品,在离心机上以10000 r/min)离心5min ,抽提至上清液澄清(界面无白色沉淀)。
(6)
将上清液转移至新的离心管中,加入等体积的CTAB 沉淀液,颠倒混匀,室温放置15min 后(如果沉淀可见,继续做,否则于65 ℃温育30 min),于4℃,10000 r/min
匀,于65℃保温30min 。其
间轻柔混匀2~3次。
(4) 取出离心管,冷至室温,加
入1ml 的氯仿/异戊醇,轻缓颠倒混匀,静置10min 。 (5) 10 000r/min离心10 min。 (6) 转移上清液于另一离心管
中,加入2/3倍体积的异丙醇,轻缓颠倒混匀,室温放置15min 。
(7) 10 000r/min离心10 min,去
上清液。
(8) 用0.2ml 70%乙醇洗涤沉淀
1次,室温下微干,加入70µl 高盐TE 缓冲液和1 µl 的RNaseA ,颠倒混匀,37℃保温0.5h 。
(9) 加入2倍体积预冷的无水乙
醇,充分混匀,于4℃, 7 500g (对于小样品,在离心机上以10000 r/min)离心15min 。
(10) 将沉淀用70%乙醇清洗两次
后,晾干,加入50µl TE 溶解沉淀。 轻搅动,使冻粉充分散开。 提取缓冲液,保温30min ,(3) 加入400µl 10%SDS ,充分
并经常温和混匀(自注:观混匀,于65℃水浴中保温察时间够否,提取液够否)。 10~15min (间隔晃动2~3(3) 在室温下10 000g 离心
次)(自注:若裂解不充分可10min 。
延长时间)。
(4) 上清液中加入2/3体积
(4) 加入640µl 5 mol/L KAC,充
2.5mol/L pH4.8的KAc 溶分混匀,冰浴中放置30min 。 液,0℃放置30min 沉淀蛋白(5) 4℃ 12 000rpm离心15min 。 质。
(6) 上清液转入新的离心管中,
(5) 10 000g,4℃离心10min 。 加入等体积的氯仿/异戊醇,(6) 上清液加入0.6倍体积-20℃
轻轻颠倒离心管数次,放置预冷的异丙醇,温和混匀后5min 。
于-20℃放置30min 使核酸(7) 于4℃下8 000rpm 离心
充分沉淀。
10min 。
(7) 10 000g离心10min ,去上清,
(8) 上清液转入新的离心管中,
将沉淀溶于500µl SDDW 加入2/3体积、-20℃预冷的中。10 000g离心10min ,上异丙醇,混匀,放置30min ,清液转入新的离心管(去除观察DNA 沉淀生成。
不溶物)。
(9) 于4℃下8 000rpm 离心
(8) 加入0.6倍体积的-20℃预冷
10min ,去上清液。(自注:的异丙醇,温和混匀后于观察转速合适否)
-20℃放置30min 使核酸充(10) 用80%的乙醇洗涤沉淀,晾
分沉淀。10 000g离心10min 。 干10~15min 。
(9) 所得DNA 沉淀用80%乙醇
(11) 加入400µl TE缓冲液充分溶
洗涤后晾干。
解沉淀(若溶解不好,可置(10) 将沉淀溶解于50µl TE 中,
离心5min ,弃上清。
(7) 将残液尽可能除尽,加入
200µl 的高盐TE 缓冲液和2µl RNaseA 储备液重悬沉37℃水浴中保温,促进溶
解)。
(12) 5 000rpm离心5min ,上清液
转入新的离心管(去除不溶2µl RNaseA储备液,于37℃温育30min ,去除RNA 后可直接或经一次氯仿:异戊醇抽提后用于酶切及PCR 扩淀,于37℃温育30min 。 (8) 加入2倍体积预冷的无水乙
醇,充分混匀,于4℃, 7 500g (对于小样品,在离心机上以10000 r/min)离心15min 。
(9) 将沉淀用70%乙醇清洗两次
后,晾干,加入50µl TE 溶解沉淀。
自注:红色为与《精编》相比的 改动部分。
二、试剂配制
溶液名(配方来源) 组分浓度 RNaseA 2 000U/ml
物)。加入10µl RNaseA溶液(1µg/µl ),于37℃温育30min 。
(13) 加入等体积的氯仿/异戊醇,
混匀,放置5min 后10 000rpm 离心5min ,重复一次。
(14) 转移并量出上清液体积,置
新离心管中,加入1/5体积的3 mol/L NaAC,混匀,加入2.5倍体积的无水乙醇,轻缓混匀,室温放置5min 。(15) 10 000rpm 离心5~10min ,
去上清。用80%乙醇洗涤沉淀2~3次,晾干。加入50µl TE 溶解DNA ,备用。
自注:根据原书按比例改变样品及试剂量
配法 待补
增。
用0.15mol/L NaCl,0.015 mol/L 1 mol/L Tris·Cl (pH8.0)(宝生物商品目录) 0.5mol/L EDTA(pH8.0)(宝生物商品目录)
TE 缓冲液pH8.0 (精编分子生物学实验指南)
高盐TE 缓冲液
柠檬酸三钠配成10mg/ml;使用前100℃热处理15min 除去残留的DNase 活性,DNA 沉淀溶解后加入1/100体积RNase 贮液。分装后-20℃备用。
1 mol/L Tris·Cl 0.5mol/L EDTA 10 mmol/L Tris·Cl ,pH8.0
1 mmol/L EDTA,pH8.0 10 mmol/L Tris·Cl ,pH8.0
称取12.11g Tris置于烧杯中, 加入约80ml ddH2O ,充分搅拌溶解
加入约4.2ml 浓HCl 溶液定容至100ml
高温高压灭菌后,室温保存
(应使溶液冷却至室温后再调定pH 值,因为Tris 溶液的pH 值随温度的变化差异
很大,温度每升高1℃,溶液的pH 值大约降低0.03个单位)
称取18.61g Na2EDTA·2H 2O ,置于烧杯中 加入约80ml 的ddH 2O ,充分搅拌溶解 用NaOH 调节pH 值至8.0(约2gNaOH ) (注意:pH 值至8.0时,EDTA 才能完全溶解)
溶液定容至100ml
高温高压灭菌后,室温保存 1 mol/L Tris·Cl (pH8.0)1ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)0.2ml ddH 2O 定容至100ml 1 mol/L Tris·Cl (pH8.0)1ml
(精编分子生物学实验指南) CTAB 抽提液 (精编分子生物学实验指南) CTAB/ NaCl溶液 (精编分子生物学实验指南)
CTAB 沉淀液 (精编分子生物学实验指南) 高盐低pH 值法提取缓冲液 2.5mol/L KAC(pH 4.8)
1 mmol/L EDTA,pH8.0 1 mol/L NaCl
于室温保存(可在几年内保持稳定)
2%(W/V)CTAB 100 mmol/L Tris·Cl ,pH8.0 20 mmol/L EDTA,pH8.0
1.4 mol/L NaCl
于室温保存(可在几年内保持稳定)
10% CTAB 0.7 mol/L NaCl 1%(W/V)CTAB 50 mmol/L Tris·Cl ,pH8.0 10 mmol/L EDTA,pH8.0 于室温保存(可在几年内保持稳定)
100mmol/L NaAC(pH 4.8)、50 mmol/L EDTA (pH 8.0)、500
mmol/L NaCl 、1.4% SDS ,此种介质刚好为pH 5.5
0.5mol/L EDTA(pH8.0)0.2ml NaCl 5.844g
ddH 2O 定容至100ml CTAB 2g 1 mol/L Tris·Cl (pH8.0)10ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)4ml NaCl 8.1816g
在40ml H 2O 中溶解2.05g NaCl ,缓慢加入5g CTAB,同时加热并搅拌。如果需要,可加热至65℃溶解。定容终体积至50ml 。自注:在烧杯中配制,不定容。
CTAB 1g 1 mol/L Tris·Cl (pH8.0)5ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)2ml
待补 冰乙酸调pH 称取14.7g 乙酸钾,溶于60mlddH 2O 中,
溶解后再加入5.75ml 冰乙酸,定容至100ml ,所得溶液称为2.5mol/L KAC,溶
液中含有1.5 mol/L的钾及2.5 mol/L的乙酸根。待验证
改进的饱和在无菌水配制的饱和NaCl 溶待补 NaCl-CTAB 溶液液中,加2%PVP ,充分溶解后,(Rogstad, 1992;潘晓华缓慢加入CTAB 粉末,加热搅等, 2004) 拌至溶解,直至溶液呈透明凝 胶状 (一般每升饱和NaCl 溶
液需加30~40g CTAB) ,冷却后,加EDTA(pH8.0)至50mmol/L及2%2-ME ,搅拌,分装至10ml 离心管中。
电泳缓冲液P602分子克隆 TEN 缓冲液P607 IPTG P612 X-galP614 乙酸钾 P613
三、实验设计 1、五种试材
A. 种苗叶片:种子萌发的幼苗叶片(暗培养1~2d ),称量,用灭菌双蒸水清洗后备用
B. 新鲜叶片:采自田间的新鲜叶片,称量,用灭菌双蒸水清洗后干燥,4℃的黑暗中饥饿1~2d
C. 干燥叶片:采自田间的新鲜叶片,称量,用灭菌双蒸水清洗后干燥,装入袋中,加入国产的二级变色硅胶干燥(至少10:1),室温备用。
D. -20保存:采自田间的新鲜叶片,称量,用灭菌双蒸水清洗后干燥,装入袋中,-20保存,备用。
E. 改进的饱和NaCl-CTAB 溶液保存:采自田间的新鲜叶片,称量,用灭菌双蒸水清洗后干燥,装入已盛有1ml 保存液的2ml 离心管中,4℃备用。
样品C~E保存15d 后用于提取。
2、以A 为起始材料,从CTAB 法、高盐低pH 值法中筛选高效的提取方法。 3、以B~E为试材,探讨可行的试材保存方法。 4、评价指标:紫外检测(纯度、浓度、得率)、电泳检测、酶切检测、RAPD 分析(可能没有条件作)