蛋白质分析相关数据库及网站
表1 蛋白质相互作用分析相关数据库及网站
蛋白质序列分析和结构预测
【实验目的】
1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；
2、熟悉蛋白质基本性质分析；
3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif 、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；
4、了解蛋白质结构预测。
【实验内容】
1、使用Entrez 或SRS 信息查询系统检索人脂联素（adiponectin ）蛋白质序列；
2、使用BioEdit 软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；
3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；
4、对人脂联素蛋白质序列进行motif 结构分析；
5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。
【实验方法】
1、人脂联素蛋白质序列的检索：
（1）调用Internet 浏览器并在其地址栏输入Entrez 网址（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez）；
（2）在Search 后的选择栏中选择protein ；
（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；
（4）点击go 后显示序列接受号及序列名称；
（5）点击序列接受号NP_004788 （adiponectin precursor； adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens]）后显示序列详细信息；
（6）将序列转为FASTA 格式保存（参考上述步骤使用SRS 信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列）；
2、使用BioEdit 软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：
打开BioEdit 软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA 格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence 栏→选择protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成； 或者选择protein 后，点击Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平；
3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：
（1）进入NCBI/Blast网页；
（2）选择Protein-protein BLAST （blastp ）；
（3）将FASTA 格式序列贴入输入栏；
（4）点击BLAST ；
（5）查看与之同源的蛋白质；
4、人脂联素蛋白质序列的motif 结构分析：
（1）进入http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN网页；
（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA 格式序列贴入输入栏；
（3）点击Scan ；
（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）；
5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：
（1）进入下列蛋白结构预测服务器网址http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html
（The PredictProtein Server）；
（2）在You can栏点击default ；
（3）填写email 地址和序列名称；
（4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA 格式序列贴入输入栏点击Submit ；
（5）从email 信箱查看分析结果；
6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：
（1）进入http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页；
（2）填写email 地址、姓名和序列名称；
（3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA 格式序列贴入输入栏；
（4）点击Send Request；
（5）从email 信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol 查看三维图象）。
【作业】
1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif 结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；
2、相互对比结果，说明产生不同结果的原因，总结进行上述分析所需注意的关键事项。
蛋白质序列分析
pfam http://pfam.sanger.ac.uk/蛋白质结构域预测
smart http://smart.embl-heidelberg.de/ 蛋白质结构域预测
BLOCKS http://blocks.fhcrc.org/ 蛋白质家族的序列保守区域
CluSTr http://www.ebi.ac.uk/clustr/ 将SWISS-PROT+TrEMBL蛋白自动归类
InterPro http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 蛋白质家族、结构域和位点的集成信息资源 PIR-ALN http://www-nbrf.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/piraln.html 蛋白质序列联配
PRINTS http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ 分层的基因家族指纹 PROSITE http://www.expasy.ch/prosite/ 具有生物学意义的蛋白模式和轮廓 ProtoMap http://protomap.cornell.edu/ 对SWISS-PROT 蛋白质进行自动分类
SBASE http://hydra.icgeb.trieste.it/~kristian/SBASE/ 注释了的蛋白质结构域序列 SYSTERS http://systers.molgen.mpg.de/ 基于多种资源对蛋白质序列进行分类 Emotif http://motif.stanford.edu/emotif 蛋白质序列模体查询
Iproclass http://pir.georgetown.edu/iproclass/ 注释了的蛋白质分类数据库
PFSCAN www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html 蛋白质序列的(profile)分析
Compute pI/Mw- http://www.expasy.ch/ch2d/pi_tool.html蛋白质序列的理论等电点、分子量的计算
CATH- http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath 通过自动、手动方式进行蛋白质结
构相关性的系统分类，
CATH 是以下四个单词的第一个字母的组合
Class(类) -源于二级结构的最高级别的分类
Architecture(构造) -独立于拓扑结构的二级结构排列描述。
Topology(拓扑结构)-参照已知的折叠及观测的结构进行拓扑分析
Homology(同源)-结构间相同的拓扑布局、不同的二级结构（与功能相似性相关）描述
CRASP http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/CRASP/default.htm 蛋白质序列的相关分析
FPAT http://www.ibc.wustl.edu/fpat/-an 检索分子序列数据库模式的简易方法 Hydropathy Plot (GIF image) http://www.bmb.psu.edu/nixon/webtools/hydro/default.htm绘制亲疏水图 MOTIF http://www.genome.ad.jp/SIT/MOTIF.html- 蛋白质序列模式检索 RandSeq http://www.expasy.ch/sprot/randseq.html- 随机的蛋白质序列生长子 REPRO- http://www.embl-heidelberg.de/repro/repro_info.htmlA 蛋白质重复片断识别服务器
paralign http://www.paralign.org/ 蛋白质、核酸序列相似性检索
SignalP http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 在不同的物种中预测信号肽及酶切位点
SIM- http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html 由用户定义的最佳两序列对比 TMpred http://ulrec3.unil.ch/software/TMPRED_form.html - 蛋白质跨模区预测、定位，该方法基于统计学结果，通过权重矩阵打分进行预测分析
Coils http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.html 对比分析具有双股卷曲结构的序列同源性打分，进而计算适于采用该结构的序列的几率
GuessProt http://www.expasy.ch/www/guess-prot.html 选择SwissProt 蛋白的等电点、分子量
MassSearch http://cbrg.inf.ethz.ch/subsection3_1_3.html- 蛋白质消化后的聚集检索
Phospepsort http://genome.eerie.fr/gcg/phospepsort-query.html- 磷酸化位点分类 SAPS http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html- 蛋白质序列统计分析
Sleuth http://www.bioon.com/molebio/pro... du/pub/sleuth/data- 氨基酸构象及可及性分析
PEDANT-http://pedant.mips.biochem.mpg.de/frishman/pedant.html 蛋白质提炼 PROVE http://www.ucmb.ulb.ac.be/%7Ejoan/survol/form.html 蛋白质原子体积计算
Naccess (ASA for proteins)http://www.ls.manchester.ac.uk/research/themes/bioinformatics/ 利用Lee & Richards 方法描述分子表面性质的计算程序，能够计算蛋白质的表面
准确地将已知的蛋白质序列转化成DNA 序列
根据物种在swiss －prot 里面翻转
http://www.entelechon.com/index.php?id=tools/backtranslation&lang=eng http://www.bioinformatics.org/sms2/re_trans.html
http://www.bioinformatics.org/sms2/re_trans.html
进去之后，点击Codon Usage Database ，然后将你要的物种的拉丁文名输入QUERY Box for search with Latin name of organism ，点击submit ，然后就可以看到各个物种的一个密码子列表。然后替换那个大肠杆菌就可以了