序列分析软件目录
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附录：序列分析软件目录
*此目录包括了一些通用序列分析软件，部分专业性较强的软件及网站可参阅书中相应章节
(一)商品化的序列分析软件 名称 用途 出处 Ball&Stick 有关Macintosh微机的分子图像显示，Cherwell Scientific
打印及其他操作;通过Publishing 27 Park End Street ftp.bio.indiana.edu可演示相关信Oxford，OX1 1HU，UK 息
ChemDraw 二维和三维化学结构的排版，对于杂志Cambridge Scientific Chem 3D 上的制图及分子结构的图示特别有用 Computing 875 Massachusetts
Ave.，Suite 61 Cambridge，MA 02139
DNA Strider 一套简单有用的Macintosh序列分析Christian Marck
142 程序，可进行限制酶作图，或根据DNAService de Biochimie—Bat
Center d'Etudes Nucleaires de 序列作环状质粒图
Saclay 91191 Gif-sur-Yvette Cedex France
EUGENE&SAM 用于Sun Microsystems系统SPARC工Lark Sequeneing Technologies
作站的多用途核酸蛋白质分析软件包，9545 Katy Freeway，Suite 200 包括用于序列检索的FASTA，还可对Houston，TX 77024 DNA和蛋白质数据库快速进行关键词检索
GCG 包括核酸蛋白质序列分析、测序计划管Genetics Computer Group
理、数据库检索、RNA折叠、蛋白质二University Research Park 575 级结构预测、序列基序的推出及检索等Science Drive，Suite B 程序的软件包，用于VMS及UNIX多用Madison，WI 53711 户系统
Gene 与大多数分析软件不同，它管理产显示Textco Construction Kit 克隆策略中的分子构建过程，包括分子27 Gilson Road DNA Inspector 构建，电泳条带。另外，还可以质粒作West Lebanon，NH 03784,可在
图(有序列没序列均可)。涉及展示工具www.biosino.org/pages/downlDNA Inspector是Macintosh的基本分oad.html下载 析程序带演示盘
GENEPRO DOS系统的全套序列分析软件，包括核Riverside Scientific
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酸及氨基酸分析，可从软盘上检索
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GenBank、EMBL DNA数据库或PIR、SWISS-PROT蛋白质数据库，带演示盘
HIBIO DNASIS DOS系统的全套DNA和蛋白质分析软PROSIS 件，包括限制酶谱分析，二级结构预测、
测序计划管理、可支持数字化仪和语声合成仪，可通过CD-ROM光盘驱动器进行数据库检索
Intelligenetics 多功能序列分析软件包，Suite Intelligenetis Suite 适用于VMSSunPC Gene 和Microsystem系统；PC Gene适用于Gene Works DOS系统；而Gene Works适用于
Macintosh
LaserGene 优秀的核酸及氨基酸序列分析软件包，Protean 适用于DOS及Macintosh计算机；带有
序列比较和比对、笔记和分析、测序计划管理、限制酶谱分析和限制酶谱作图，以及数据库检索程序，带演示盘
MacMolly 适用于Macintosh的较好的基本序列
分析软件包
Enterprises 15705 Point Monroe Drive N．E．Bainbridge Island，WA 98110
Hitachi Software Engineering America Compute Division 1111 Bayhill Drive，Suite 395 San Bruno，CA 94066
Intelligenetics
700 East E1 Camino Real Mountain View，CA 94040
DNAStar，Inc.
1228 South Park Street Madison，WI 53715
Soft Gene Berlin
Offenbacher Str 5，D-100 Berlin，33 Germany
MacVector 适用于Macintosh的全套软件包，包括International
限制酶谱显示，序列比较及通过硬盘或Biotechnologies CD-ROM光盘驱动器进行数据库检索，P．O．Box 9558 蛋白质二级结构分析 New Haven，CT 06535
Pearson Sequence 适用于UINX、VMS、Macintosh和DOSWilliam R．Pearson Analysis Package 系统的序列分析软件，可进行数据库快Department of Biochemistry FASTA 速检索，可贮存于硬盘或CD-ROM光盘Box 440 Jordan Hall
University of Virginia Charlottesville，VA 22908
Plasmid Artist 适用于Macintosh，可制作适于出版用Clontech Laboratory
的高质量限制酶图谱 4030 Fabian Way
Palo Alto，CA 94303
Pro-RFLP 适用于Macintosh及DOS系统的凝胶分DNA ProScan Inc．
析软件，可与扫描仪或电视摄像仪联P．O．Box 12185 用。可提供校准建立未知序列的数据Nashville，TN 37212 库、检索与未知序列相配的序列等功能，并带有完备的打印输出功能
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中国测序论坛www.seq.cnRodger Staden 数种序列组装及分析软件、全套UINXRodger Staden Programs 分析软件包，其功能包括可分析从ABIMRC Lab of Molecular Biology
自动测序仪上输出的荧光追踪记录 Hills Road
Cambridge，England CB2 2QH
Sequencher 适用于Macintosh的测序支持软件，包Gene Codes Corporation
括筛选载体、寻找开放读框、翻译、限2901 Hubbard Road 制酶谱等，以及与荧光测序仪相联的接Ann Arbor，MI 48105 口
XQS 数据库管理和检索软件，其特点是可以National Biomedical Research
Georgetown ALIGN 在VMS系统中进行极快及较为弹性的Foundation
University，Medical Center PSQ 关键词检索
3900 Research Road，N．W． NAQ
Washington，DC 20007 ATLAS
(二)免费的序列分析软件 名称 说明 出处 Amplify 用于PCR实验的辅助设计，分析甚至模拟 FTP：sumex-aim.stanford.edu
AnnHyb AnnHyb2.2是设计PCR引物和DNA探针的辅www.biosino.org/pages/down
助软件 load.html
antheprot 蛋白分析软件，可以提供一些物化参数，二www.biosino.org/pages/down
级结构预测，可以找出a-helix，b-sheetload.html 等区域，同源性比较等
Band Leader 电泳条带定量分析软件，有扫描仪将拍下来www.biosino.org/pages/down
的照片扫进计算机，然后就可以用本软件操load.html 作进行分析
ＢinHex 4.0 用于对FTP文件及从邮件发送中心收取的文可从大多数FTP发送中心取得，
件进行解码的必需软件，适用于Macintosh但从同事手中复制一份也许最 简便
BLAST 超快速数据库检索程序，适用于UNIX及VMSFTP：ncbi.nlm.nih.gov
的C源程序 EM：[email protected]
BioSCAN 来自北卡大学(University of North http://genome.cs.unc.edu/
Carolina) Chapel Hill分校的以表格为基础的检索和设计提取程序
200
BLOCKS 通过万维网(www)交付设计并与BLOCKS数据中国测序论坛www.seq.cnSearch 库中高度保守的蛋白质序列区段比较的一
种以表格为基础的程序
BoxShade 可制作符合出版要求的序列比对图，在所得
的PostScript格式输出结果中，相似的序列区段带有阴影
ChemSite 观看模拟有机生物分子3D立体结构的软件
http://www.blocks.fcrc.org
/
CHIME
Clustal
IE和NETSCAPE插件，安装后，可以直接用浏览器观看PDB格式的文件，直接在浏览器中看3D分子
进行多重序列比对并制作系统进化发育树，可适用于DOS、Macintosh、UNIX和VMS
HyperCard组合程序，可分析一组比对序列，帮助识别共同变化的位点(即RNA分子战火两个或多个共同进化的位点)
Cyrillic 遗传族谱分析 www.biosino.org/pages/down
load.html
Disinfectant 适用于Macintosh的出色的病毒检测和清除FTP：ftp.acns.nwu.edu
FTP：sumex-aim.stanford.edu软件
DNA Club DNA Club是对DNA进行与PCR有关操作的一www.biosino.org/pages/down
个简单软件。它的功能有：1、输入DNA序load.html 列；2、查找ORF序列；3、把DNA翻译成蛋白序列；4、查找酶切位点；5、查找PCR引物序列
DNA Sequence 对排列过的DNA多序列进行基因多态性分析www.biosino.org/pages/downPolymorphism 的软件 load.html
DNASIS 综合性低级结构分析软件，包括DNA、RNA、www.biosino.org/pages/down
蛋白质，与DOS下的PCGENE、windows下的load.html Omiga属同一类的软件
DNAssist 带完全功能(没有打印功能)的一个功能较www.biosino.org/pages/down
强的核酸处理软件并带有部分蛋白分析功load.html 能
DNATools 与Omiga、DNAsis、PC/Gene等软件属于同www.biosino.org/pages/down
一类的综合性软件，操作简单功能多 load.html
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Covariation
www.biosino.org/pages/down
load.html
www.biosino.org/pages/download.html
FTP：ftp.bio.indiana.edu FTP：ch.embnet.org
FTP：ftp.bio.indiana.edu
中国测序论坛www.seq.cnEntrez Enzyme Kinetics FASTA GDE GenBank Search GeneDoc GeneMapper GenoBase GenQuest Gopher K-Estimator
可用于接通MEDLINE文献数据库中的遗传学
和分子生物学子库，适用于Macintosh、Windows、UNIX和VMS，必需以所用计算机为单位向NCBI办理登记，但可免费办理登记手续
HyperCard组合程序，可分析酶动力学实验数据并作图
适用于UNIX和VMS的数据库快速检索程序
适用于Sun Microsystems系统SPARC工作
站的上好分析软件包。包括多种序列比对、测序进化管理、数据库检索等等
HyPerCard组合程序，所初始的一段电子邮件，可提供给GenBank FASTA及序列提取的
电子邮件发送中心需要Macintosh微机上的MaCTCP软件
多序列编辑分析软件，用于分析生物分子中
结构和功能之间的关系
适用于Sun Microsystems系统SPARC工作
站的功能完备的编码区识别软件及其他软件
由NIH提供的一个实验性的www信息源，可
为特定用途的分子生物学数据库提供表格及查询等功能
以表格为基础的程序可通过www对基因组数
据库进行检索，可提供对SWISS-PROT，基因组数据库(GSDB)，Protein Databank(PDB)和Prosite数据库所进行的BLAST、FASTA和Smith-Waterman检索
光顾Internet上不断增加的各种Gopher发
送中心
对排列过的DNA多序列进行基因分歧Ks和Ka分析的软件
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FTP：ncbi.nlm.nih.gov http://atlas.nlm.nih/gov:5700Entrez/index.html
FTP：ftp.bio.indiana.edu
FTP：uvaarpa.virginia.edu FTP：golgi.harvard.edu
FTP：ftp.bio.indiana.edu
www.biosino.org/pages/download.html
FTP：haywire.nmsu.edu
http://specter.dcrt.nig.gov:8004/
http://www.gdb.org
FTP：ftp.bio.indiana.edu FTP：boombox.micro.umn.edu
www.biosino.org/pages/down
load.html
Linkage
对遗传标志进行连锁分析，适用于UNIX、DOSFTP：corona.med.utah
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和VMS计算机
在Macintosh计算机上展示Zuker RNA折叠程序的结果，其输出结果类似于图7.7.4B
多序列构建与分析软件。适用于Microsoft Windows(微软视窗)和Macintosh的优秀多重序列比对和编辑工具
展示并旋转核酸和蛋白质的分子结构，对教学很有帮助
适用于Macintosh，可利用PROSITE基序数据库检索蛋白质序列中的模序，可直接阅读PROSITE中的文件或输入用户定义的模序
适用于Macintosh的质粒图绘制程序，限制酶起位点必须由用户输入
动态图像(Kinenage,kinetif image)可以交互地在计算机上显示科学图例。可以选择性地让程序显示某部分图像，进行即时旋转，可以提供三维图像信息
用于安排实验方案的HyperCard组合程序
FTP：ftp.bio.indiana.edu
LoopViewer
MACAW
FTP：ncbi.nlm.nih.gov或www.biosino.org/pages/download.html
FTP：ftp.bio.indiana.edu
MacMolecule
MacPattern
FTP：ftp.bio.indaina.edu EM：[email protected]
MacPlasMap
FTP：ftp.bio.indiana.edu EM：[email protected] www.biosino.org/pages/download.html
Mage
MandM
MapMaker 适用于Sun Microsystems系统和VMS系统，EM：[email protected]
FTP：genome.wi.mit.edu 用于连锁分析F2和CEPH子集
Mase 适用于UNIX的多种序列比对编辑软件 FTP：mbcrr.harvard.edu
MFOLD(或Zuker RNA二级结构预测的VMS版本 FTP：amber.mgh.harvard.edu LRNA&CRNA) FTP：ftp.bio.indiana.edu
MulFold 由Don Gibert编制的Zuker RNA二级结构FTP：ftp.bio.indiana.edu
预测软件MFOLD的Macintosh版本
NCSA 利用自显影片或溴化乙锭染色的凝胶的插FTP：ftp.ncsa.uiuc.edu GelReader 图像在Macintosh微机上自动测重DNA片段
长度，识别泳道和条带，然后将预测的条带大小输出为可供制表软件使用的文本文件
NCSA Mosaic Macintosh、Windows和UNIX系统第一个wwwFTP：ftp.ncsa.uiuc.edu
浏览软件，必须与Internet联网
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Netscape
商品化www浏览软件，对教育系统用户免费，
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适用于Macintosh、Windows和UNIX，可提供快速显示及GIF或JPEG编码格式的直接图像
NIH Image 为生物学家设计的通用图像分析程序，可使
用Macintosh微机上的扫描图像
Omiga 综合性核酸分析软件，辅助文件：
http://ftp.oxmol.com/pub/OMIGA/OMIGA20Docs.exe；载体库：ftp://ftp.oxmol.com/pub/OMIGA/Vecbank12.exe
OSP 用于设计适当PCR引物的寡核苷酸选择程
序，可分析靶序列并通过计算GC含量、可能的二级结构、引物及扩增序列的长度进行引物设计
PAUP 适用于DOS和Macintosh的系统进化分析软
件
FTP：ftp.netscape.com
FTP：alw.nih.gov
www.biosino.org/pages/download.html
c/o Paula Kassos(Phil Green，Washington University，St．Louis)
pDRAW32
PGEN
Phred/Phrap/Consed Phylip Plasmid processor Plot/A
PlotZ PLSearch
EM：[email protected] (David Swofford，Illinois Natural History Survey Champaing，IL)
pDRAW32是对核特别是质粒进行分析和作图www.biosino.org/pages/down
load.html 的软件
DOS系统的寡核苷酸设计分析软件，需要EGAFTP：ftp.bio.indiana.edu 或VGA图像接口，可以在360k软盘驱动器上运行
序列组装、检验、编辑软件系统，适用于鸟www.genome.Washington.edu/
index.html 枪法序列。
适用于UNIX的系统进化分析软件 FTP：ftp.bio.indiana.edu
本软件是根据位置画出一个质粒图，但不能www.biosino.org/pages/down输入序列，由序列自动作图 load.html
采用多种方法进行蛋白质二级结构预测的FTP：ftp.bio.indiana.edu 分析软件
适用于UNIX和VMS系统的限制酶谱绘制软FTP：amber.mgh.harvard.edu 件
适用于UNIX，通过分析SWISS-PROT数据库FTP：mbcrr.harvard.edu 而确定的蛋白质一级结构模序的数据库
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中国测序论坛www.seq.cnPrimer 适用于UNIX、VMS、DOS和Macintosh的引
物设计软件，可分析靶序列并通过计算GC含量、可能的二级结构，以及引物和扩增产物的长度来设计引物
primer! for 在线PCR引物设计,只要有图形界面的浏览WWW 器就可以使用 primer 设计引物，限制酶分析，核酸蛋白对应翻译，premier 特定序列(motif)查找Align序列排列
Protein 可以导入以下格式文件SWISS-PROT、PIR、Sequence FASTA(Pearson)、Intelligenetics、Editor with CLUSTAL、GCG；自动处理多序列(使用Multiple D．Higgins ClustalV算法)；往多序列中加Alignment 序列；合并不同文件中的序列；以不同的格
式输出多序列；打印多序列；对选定区域序列比较；手工校正多序列；根据物化或进化特性对不同种类氨基酸用不同颜色表示，可以提供分析保守序列和变异序列的可能性等
RasMol 观看生物分子3D微观立体结构软件，可旋
转，可多个模式观看
RNAdraw RNA二级结构分析
FTP：genome.wi.mit.edu
www.biosino.org/pages/down
load.html
www.biosino.org/pages/download.html
www.biosino.org/pages/download.html
www.biosino.org/pages/download.html
www.biosino.org/pages/download.html
RNAstructure 根据RNA的一级序列，进行二级结构分析并www.biosino.org/pages/down
load.html 作图
SeqApp 分析DNA和蛋白质序列，同时还可以简便地FTP：ftp.bio.indiana.edu
使用WAIS和Internet Gophor资源，由Don Gilbert设计，需要Macintosh计算机及MacTCP
SeqSpeak 简单的DNA序列编辑软件，由Keith ConoverFTP：ftp.bio.indiana.edu
为Macintosh而设计，可通过数字化的人工声音提供发声反馈
Seqverter 本软件是一个文件格式转换工具 www.biosino.org/pages/down
load.html
SLINK and 适用于UNIX计算机的连锁分析软件 FTP：watson.hgen.pitt.edu FASTSLINK
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一个对排列好的多序列进行分析，按几种方
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式来计算各物种之间的距离，并能够以列表树型等方式显示。
Swiss PDB 对蛋白质进行显示和分析的软件。它直观地Viewer 提供了大量的菜单以满足查看显示蛋白的OpenGL 结构
Vector NTI 综合性蛋白核酸分析工具包 Suite
Spectrum
www.biosino.org/pages/download.html
www.biosino.org/pages/download.html
www.biosino.org/pages/download.html
有关生物学的Internet资源的总汇，会不http://golgi.harvard.edu/bVirtual
Library of 断更新，可作为了解Internet有关信息的iopages.html BioScience 极好的开端
Visual 1、可以同时显示编辑多达200个核酸蛋白www.biosino.org/pages/downsequence 序列2、将所有程序打包成一个库文件3、load.html editor 可以输入输出到很多格式序列：
IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本4、可以直接读取MACA的文件，并能将各序列中的同源顺序标出5、根据遗传密码(可以自定义)读出一种或六种阅读框
WAIS Wide area information service (大范围FTP：think.com
信息发送服务中心)，可有效汇集和提供大(NeXT，Motif和Macintosh软量信息 件)
FTP：samba.oit.unc.edu (DOS、SunView和VMS软件)
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