第一章 微生物的分类和鉴定(图未显示)

第一章  微生物的分类和鉴定

目前已记载的M.B种类达到20万余种，且还在急剧增加。

分类学：把相似的M.B聚集在一起，并按照不同的等级排列。

微生物分类学的三个任务：分类、鉴定和命名。

分类: 收集大量描述微生物个体（物种）的文献资料，整理成一个科学的分类系统；

鉴定: 根据未知的纯种微生物的形状特征，查找现成的分类系统，进行知名、辨类；

命名: 为新的微生物确定一个新的学名，并及时在刊物上发表。

第一节   通用分类单元

一、种以上的系统分类单元

（一）七级分类单元

七级：界、门、纲、目、科、属、种。 必要时各级都可加上“亚”、“超”或“族”等。

最基本的分类单位是种。

分类等级和名称的一个例子：

等级

举例

域（界）

细菌（Bacteria）

门

变形杆菌门(Proteobacteria)

纲

γ-变形杆菌 ( γ -Proteobacteria)

目

肠杆菌目(Enterobacteriales)

科

肠杆菌科(Enterobacteriaceae)

属

志贺氏菌属(Shigella)

种

痢疾志贺氏菌(S.dysenteriae)

（二）种的概念

可以认为，微生物的种（species，又译“物种”）是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内的其它物种有着显著差异的一大群菌株的总称。

在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株当作它的具体代表，故此典型菌株就成了该种的模式种。

新种是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。

二、学名

微生物的名称有两种，一是俗名，二是学名。

俗名具有大众化、简明等优点，但往往涵义不确切，容易重复，尤其不便于国际间的学术交流。

学名是按照“国际命名法规”进行命名并得到国际学术界公认的。

▲物种的学名是用拉丁词或拉丁化的词组成。学名应排斜体字。学名表示方法有双名法和三名法。

（一）双名法

属名：字首大写。表示微生物的主要特点。第一个字母要大写。

当前后有两个或更多的学名连排在一起时，如果它们的属名相同，在后面的一个或几个属名可缩写成一个、两个或三个字母，在其后加上一个点。例如，Bacillus（芽孢杆菌属）可缩写“B.”或“Ba.”或“Bac.”，Pseudomonas（假单胞菌属）可缩写成“P.”或“Ps.”或“Pse.”， Aspergillus（曲霉属）可缩写成“A.”或“As.”或“Asp.”等。

种名：表示物种的次要特征。第一个字母小写。

双名法：指一个物种的学名由一个属名（前）和一个种名（后）构成。

（二）三名法

当某种微生物是一个亚种或变种时，学名就按照三名法拼写。

（三）菌株（strain）

▲菌株：是任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。在非细胞型的病毒中则称为毒株或株。

所以，一种微生物的每一不同来源的纯培养物或纯分离物均可称为某菌种的一个菌株。

菌株名称可由分离人任意用字母、符号或（和）编号表示。

第二节  微生物在生物界分类系统中的地位

界级分类学说：两界、三界、四界、五界、六界、 三总界五界。

三域学说：“域”是一个比界更高的界级分类单元。

三个域指的是细菌域、古生菌域（以前称古细菌域）、真核生物域。    p347图10-3

似乎是原核生物群（细菌和古生菌）先出现，然后才是真核生物，这导致生物分成3个域：细菌、古生菌和真核生物。这三个域的生物在rRNA和其它方面彼此不同。  p348表10-3。

第三节  各大类微生物的分类系统纲要

一、Bergey氏原核生物分类系统纲要

1、《伯杰氏手册》简介

在整个20世纪中，微生物分类体系的权威著作：

l         德国的《细菌分类图说》；

l         美国的《伯杰氏鉴定细菌学手册》（1923）；

l         前苏联的《细菌与放线菌的鉴定》；

l         法国的《细菌分类学》和《原核生物》。

在以上著作中，只有美国的《伯杰氏手册》成一枝独秀。它前后修订了11个版本，客观上成了各国微生物学界公认的一本经典佳作，甚至有人称它为细菌分类学的“圣经”。     从1980年起，书名改为《伯杰氏系统细菌学手册》，简称《系统手册》。

2、《系统手册》提要

手册把原核生物分为古生菌界和细菌界两界。

Ø       古生菌界共包括2门、5组、8纲、11目、17科、63属，总有208个种；

Ø       细菌界则包括16门、26组、27纲、62目、163科、814属，总有4727个种。

因此，至今（截止至2002年）所记载的整个原核生物共有4935种。

第四节  微生物分类鉴定的方法

微生物分类鉴定方法的4个水平：

（1）细胞的形态和习性水平

比如观察M.B的形态特征、运动性、酶反应、营养要求、生长条件、代谢特性、致病性、抗原性、生态学特性等。

（2）细胞组分水平

包括细胞壁、脂类、醌类、光合色素等成分。

（3）蛋白质水平

包括氨基酸序列分析、凝胶电泳、各种免疫技术标记等。

（4）核酸水平

包括G+C mol % 值的测定，核酸分子杂交，重要基因序列分析，全基因组测序等。

一、微生物分类鉴定中的经典方法

无论鉴定哪一类微生物。其工作步骤都离不开以下3项：① 获得该微生物的纯培养物；② 测定一系列必要的鉴定指标；③ 查找权威性的菌种鉴定手册。

1、经典的鉴定指标

2、微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术

a、API细菌数值鉴定系统

b、“Enterotube”系统

c、“Biolog”全自动和手动细菌鉴定系统

二、微生物分类鉴定中的现代方法

1、通过核酸分析鉴定微生物遗传型

2、细胞化学成分用作鉴定指标