植物水溶性蔗糖合成酶生物信息学分析初探

植物生理学通讯　　第４２卷　第５期，２００６年１０月939

植物水溶性蔗糖合成酶生物信息学分析初探

韩立敏　　王喆之＊

陕西师范大学生命科学学院，西安７１００６２

A Preliminary Bioinformatics Analysis of Soluble Sucrose Synthase in Differ-ent Plants

HAN Li-Min, WANG Zhe-Zhi*

College of Life Sciences, Shaanxi Normal University, Xi’an 710062, China

提要　　用生物信息学方法对已在ＧｅｎＢａｎｋ上注册的黑麦草、绿竹、菜豆、马铃薯、颤杨等植物水溶性蔗糖合成酶基因的核苷酸序列以及推导的氨基酸序列、组成成分、氨基酸翻译后修饰、导肽、跨膜拓朴结构域、疏水性／亲水性、蛋白质二级结构以及功能结构域等进行分析预测和推断的结果表明，这些植物的水溶性蔗糖合成酶位于线粒体中，是非跨膜的亲水性蛋白，α－螺旋和不规则卷曲是其蛋白质二级结构的主要结构元件，β－转角和延伸链散布于整个蛋白质中，包含２个功能结构域，即蔗糖合成功能域和糖基化合物转移功能域。关键词　　蔗糖合成酶；　　水溶性；生物信息学

糖在植物生长、发育和代谢中，既是光合作用的产物，又是呼吸作用的底物，是植物生长发育过程中碳骨架和能量的源泉以及植物抗逆性的基础。糖代谢是整个生物代谢的中心，它沟通着蛋白质代谢、脂类代谢、核酸代谢以及各类次生代谢。植物蔗糖合成酶（ｓｕｃｒｏｓｅ　ｓｙｎｔｈａｓｅ，　ＳｕＳｙ）是由分子量为８３￣１００ｋＤａ的亚基构成的四聚体（Ｍｏｒｉｇｕｃｈｉ和Ｙａｍａｋｉ　１９８８），在植物体中有３种存在方式，即细胞质中的可溶性ＳｕＳｙ、附着在细胞膜上的不溶性ＳｕＳｙ和与细胞骨架相结合的ＳｕＳｙ（Ｗｉｎｔｅｒ和Ｈｕｂｅｒ　２０００），是植物蔗糖代谢过程中的关键酶，其催化反应为：果糖＋ＵＤＰＧ蔗糖＋ＵＤＰ，既可以催化蔗糖合成，又可以催化蔗糖分解，但通常认为分解作用是主要的（张明方和李志凌２００２）。以往的研究（Ｒｕａｎ等２００３；Ｔａｎａｓｅ和Ｙａｍａｋｉ　２０００；Ｋｏｍａｔｓｕ等２００２；Ｄｅｊａｒｄｉｎ等１９９７）表明，其分解产物尿苷二磷酸葡萄糖（ＵＤＰＧ）可为细胞壁构建和糖酵解代谢提供底物，同时也是支链淀粉和直链淀粉合成的前体。此外，植物ＳｕＳｙ与贮存器官（根、果实等）的贮存强度也有一定关系（Ｚｒｅｎｎｅｒ等１９９５；吕英民和张大鹏　２０００）。植物ＳｕＳｙ基因已分别从玉米、水稻、马铃薯、小麦、大豆、甜菜、甘蔗、拟南芥、胡萝卜、

Ｍｏｋａｒａ　Ｙｅｌｌｏｗ等植物中克隆（Ｗｅｒｒ等１９８５；Ｗａｎｇ等１９９２；Ｓａｌａｎｏｕｂａｔ和Ｂｅｌｌｉａｒｄ　１９８７；Ｍａｒａｎａ等１９９０；Ｂａｒｒａｔｔ等２００１；Ｈｅｓｓｅ和Ｗｉｌｌｍｉｔｚｅｒ　１９９６；Ｌｉｎｇｌｅ和Ｄｙｅｒ　２００１；Ｃｈｏｐｒａ等１９９２；Ｓｅｂｋｏｖａ等１９９５；Ｌｉ等２００４）。

核酸和蛋白质的计算机分析是分子生物学研究的一项新技术，已逐渐形成一门由分子生物学、生物数学、比较生物学和计算机信息处理技术相结合的交叉学科——生物信息学（ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ），其基本内容是用数据库和各类分析软件对生物大分子的结构进行比较和统计分析，推导核苷酸和氨基酸序列同源性并揭示分子的结构、功能和进化关系（叶雄和张楚富２００６）。本文以黑麦草（Ｌｏｌｉｕｍｐｅｒｅｎｎｅ　Ｌ．）为重点，对绿竹［Ｄｅｎｄｒｏｃａｌａｍｏｐｓｉｓｏｌｄｈａｍｉｉ　（Ｍｕｎｒｏ）　Ｋｅｎｇ　Ｆ．］、菜豆（Ｐｈａｓｅｏｌｕｓ　ｖｕｌ－ｇａｒｉｓ　Ｌ．）、马铃薯（Ｓｏｌａｎｕｍ　ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ　Ｌ．）、颤杨（Ｐｏｐｕｌｕｓ　ｔｒｅｍｕｌｏｉｄｅｓ　Ｍｉｃｈｘ．）等植物中水溶性ＳｕＳｙ基因的核苷酸序列和其推导氨基酸序列的组成成

分、理化性质、结构特征、功能等进行了初步

收稿

＊

２００６－０６－０６修定　　２００６－０９－２１

通讯作者（Ｅ－ｍａｉｌ：　ｚｚｗａｎｇ＠ｓｎｎｕ．ｅｄｕ．ｃｎ，　Ｔｅｌ：　０２９－８５３０８３１７）。

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分析，为该基因的进一步研究提供一些资料。

材料与方法

数据资料来源于Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｆｏｒ　Ｂｉｏｔｅｃｈ－

ｎｏｌｏｇｙ　Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　（ＮＣＢＩ）核酸及蛋白质数据库中已注册的植物ＳｕＳｙ的核苷酸序列及其对应的氨基酸序列，包括黑麦草（Ｌｏｌｉｕｍ　ｐｅｒｅｎｎｅ　Ｌ．，　ＡＢ２３２６５６、ＢＡＥ７９８１５）、绿竹［Ｄｅｎｄｒｏｃａｌａｍｏｐｓｉｓ　ｏｌｄｈａｍｉｉ（Ｍｕｎｒｏ）　Ｋｅｎｇ　Ｆ．，　ＡＦ４１２０３８、ＡＡＬ５０５７１］、菜豆（Ｐｈａｓｅｏｌｕｓ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　Ｌ．，　ＡＦ３１５３７５、ＡＡＮ７６４９８）、马铃薯（Ｓｏｌａｎｕｍ　ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ　Ｌ．，　ＡＹ２０５３０２、ＡＡＯ６７７１９）、颤杨（Ｐｏｐｕｌｕｓ　ｔｒｅｍｕｌｏｉｄｅｓ　Ｍｉｃｈｘ．，ＡＹ３４１０２６、ＡＡＲ０３４９８）、大麦（Ｈｏｒｄｅｕｍ　ｖｕｌｇａｒｅＬ．，　Ｘ６５８７１、ＣＡＡ４６７０１）、小麦（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ　ａｅｓｔｉｖｕｍＬ．，　ＡＪ００１１１７、ＣＡＡ０４５４３）、水稻（Ｏｒｙｚａ　ｓａｔｉｖａ　Ｌ．，ＡＫ１００５４６、ＣＡＡ４６０１７）、甘蔗（Ｓａｃｃｈａｒｕｍｏｆｆｉｃｉｎａｒｕｍ　Ｌ．，　ＡＦ２６３３８４、ＡＡＭ６８１２６）、玉米（Ｚｅａ　ｍａｙｓ　Ｌ．，　Ｘ０２４００、Ｐ０４７１２）、芦苇［Ｐｈｒａｇｍｉｔｅｓａｕｓｔｒａｌｉｓ　（Ｃａｖ．）　Ｔｒｉｎ．　ｅｘ　Ｓｔｅｕｄ．，　ＤＱ２９６６７４］、郁金香（Ｔｕｌｉｐａ　ｇｅｓｎｅｒｉａｎａ　Ｌ．，　ＣＡＡ６５６３９）。

依据ＤＮＡＳｔａｒ软件和ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／、ｈｔｔｐ：／／　ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／、ｈｔｔｐ：／／ｃｎ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／等网站提供的各类生物信息学软件进行在线分析。核酸及氨基酸序列的组成成分分析、理化性质分析、开放阅读框（ｏｐｅｎ

ｒｅａｄｉｎｇ　ｆｒａｍｅ，　ＯＲＦ）的查找和翻译均用ＤＮＡＳｔａｒ软件进行；核苷酸和氨基酸序列的同源性比对用Ｂｌａｓｔ在线工具完成；氨基酸翻译后修饰、跨膜结构域和亲水性／疏水性的分析用在线工具ＮｅｔＰｈｏｓＫ１．０　Ｓｅｒｖｅｒ、ＮｅｔＰｈｏｓ　２．０　Ｓｅｒｖｅｒ、ＴａｒｇｅｔＰ　１．１Ｓｅｒｖｅｒ、ＴＭＨＭＭ　２．０　Ｓｅｒｖｅｒ、ＰｒｏｔＳｃａｌｅ完成；用ＳＯＰＭＡ在线工具预测蛋白质的二级结构。

结果与讨论

１　　核苷酸序列、氨基酸序列的组成成分和理化性质分析

用ＤＮＡＳｔａｒ软件的ＯＲＦ　Ｆｉｎｄｅｒ、Ｅｄｉｔｓｅｑ、Ｐｒｏｔｅａｎ程序分析黑麦草（ＡＢ２３２６５６、ＢＡＥ７９８１５）、绿竹（ＡＦ４１２０３８、ＡＡＬ５０５７１）、菜豆（ＡＦ３１５３７５、ＡＡＮ７６４９８）、马铃薯（ＡＹ２０５３０２、ＡＡＯ６７７１９）、颤杨（ＡＹ３４１０２６、ＡＡＲ０３４９８）水溶性ＳｕＳｙ的核苷酸序列及氨基酸序列的结果（表１）表明，除黑麦草的ＯＲＦ、分子量、理论等电点高于或大于其它几种植物外，绿竹、菜豆、马铃薯、颤杨水溶性ＳｕＳｙ的ＯＲＦ、分子量、理论等电点均基本上一致；终止密码子ＴＡＡ、ＴＡＧ、ＴＧＡ出现频率高；Ｌｅｕ、Ｇｌｕ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ｇｌｙ是这几种植物ＳｕＳｙ氨基酸序列中含量最为丰富的氨基酸，其平均含量分别为１０．９０％、７．８４％、６．７９％、６．４６％、６．２７％；在颤杨ＳｕＳｙ氨基酸组成中，酸性和碱性氨基酸的比例最高，分别

表１　　不同植物ＳｕＳｙ的核酸序列以及推导的氨基酸序列组成成分和理化性质分析

　　

　　植物

ＯＲＦ／ｂｐ

终止

推导的氨基　　

酸残基数

分子量／　　ｋＤａ１００．３８８９２．２５２９２．０２３９２．７７５９２．５２２

氨基酸比例／％

ｐＩ

碱性氨基酸酸性氨基酸亲水氨基酸疏水氨基酸带电氨基酸

６．８１６．２９６．０３６．２３６．２７

　　　１１．５３　　　１１．１４　　　１１．１８　　　１１．２２　　　１１．９３

　　１２．２０　　１２．８７

　　１３．６６　　１２．９５　　１３．７９

　　２４．０７　　２４．０１　　２２．４８　　２４．５４　　２２．７３

　　３６．２７　　３６．１４

　　３７．０２　　３４．９０　　３５．６５

　　３２．５４　　３２．５５

　　３２．９２　　３２．４３　　３４．７８

密码子　　ＴＡＡ　　ＴＡＧ

　　ＴＡＡ　　ＴＧＡ　　ＴＡＡ

黑麦草绿竹菜豆马铃薯颤杨

　２６５８　２４２７　２４１８　２４３６　２４１８

　　　　８８５　　　　８０８　　　　８０５　　　　８１１　　　　８０５

　　　含量最丰富的氨基酸／％

　　植物

　　Ｌｅｕ

黑麦草绿竹

菜豆马铃薯颤杨

２３．００１１．０１１１．５５１０．６０１０．９３

　Ｇｌｕ６．８９７．０５９．１９７．６４８．４５

　Ｖａｌ６．４４６．０６７．７０６．７８６．９６

　Ｇｌｙ６．５５６．５５６．０９５．８０６．３４

　Ｓｅｒ６．４４

６．８１５．９６５．８４

６．０６

６．２１５．８０

６．２１

　Ａｌａ

　Ｌｌｅ

Ａｒｇ

　Ｌｙｓ

６．０４

植物生理学通讯　　第４２卷　第５期，２００６年１０月941

为１３．７９％、１１．９３％；在马铃薯和菜豆总氨基酸中，

亲水的（ｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃ）氨基酸和疏水的（ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ）氨基酸的比例最高，分别为２４．５４％、３７．０２％。２　　核酸及氨基酸序列的比对分析

用Ｂｌａｓｔ程序比对黑麦草与其它植物水溶性ＳｕＳｙ的核酸及氨基酸序列同源性的结果表明，黑麦草水溶性ＳｕＳｙ的核酸序列与其它植物的核酸序列如大麦（Ｘ６５８７１）、小麦（ＡＪ００１１１７）、绿竹（ＡＦ４１２０３８）、水稻（ＡＫ１００５４６）、甘蔗（ＡＦ２６３３８４）、玉米（Ｘ０２４００）和芦苇（ＤＱ２９６６７４）等有较高的同源性，分别为９８％、９３％、８９％、８７％、８７％、８６％、８６％；对蛋白质－蛋白质的Ｂｌａｓｔｐ　（ｐｒｏｔｅｉｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ　ｂｌａｓｔ）比对来说，同源谱的相似性更大，即黑麦草水溶性ＳｕＳｙ的氨基酸序列与其它植物的氨基酸序列相似性更大，如与大麦（ＣＡＡ４６７０１）、小麦（ＣＡＡ０４５４３）、绿竹（ＡＡＬ５０５７１）、水稻（ＣＡＡ４６０１７）、甘蔗（ＡＡＭ６８１２６）、玉米（Ｐ０４７１２）、郁金香（ＣＡＡ６５６３９）的一致性分别为９８％、９５％、９２％、９１％、９２％、９２％、８０％。与绿竹、菜豆、马铃薯、颤杨中水溶性ＳｕＳｙ的核酸及氨基酸序列的比对结果与此类似，即不同植物的氨基酸序列比核酸序列有更大的相似性。

３　　疏水性／亲水性的预测和分析

氨基酸是蛋白质的构件分子，自然界中存在的成千上万种蛋白质的结构和功能的多样性归根结底是由２０种常见氨基酸的内在性质造成的。疏水

性是２０种氨基酸都具有的特性，即氨基酸远离周围水分子，将自已包埋进蛋白质核心的相对趋势。这一趋势加上空间立体条件和其它一些因素，决定了一个蛋白质最终折叠成的三维空间构象。此外，通过了解肽链中不同肽段的疏水性，可以对跨膜蛋白的跨膜结构域进行预测。因此，在预测蛋白质次级结构和分析功能结构域时，可以参考疏水性／亲水性的预测和分析的结果进行。为此，用ＰｒｏｔＳｃａｌｅ预测黑麦草水溶性ＳｕＳｙ氨基酸序列的疏水性／亲水性（Ｋｙｔｅ和Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ　１９８２）的结果（图１）表明，多肽链第６１３位的天冬氨酸（Ａｓｐ）具有最低的分值－３．４００；第８４６位的丙氨酸（Ａｌａ）具有最高的分值２．９８９。依据氨基酸分值越低亲水性越强和分值越高疏水性越强（参考软件ＰｒｏｔＳｃａｌｅ）的规律，可以看出，在第６１３位的Ａｓｐ亲水性最强，第８４６位的Ａｌａ疏水性最强，而就整体来看（图１），亲水性氨基酸均匀分布在整个肽链中，且多于疏水性氨基酸。因此，整个多肽链表现为亲水性，没有明显的疏水区域，可认为黑麦草ＳｕＳｙ是亲水性蛋白。对绿竹、菜豆、马铃薯、颤杨水溶性ＳｕＳｙ氨基酸序列的疏水性／亲水性分析，也得到类似的结果。

４　　翻译后修饰的预测和分析

多肽链在核糖体上合成释放后，一般要经过翻译后修饰如糖基化、甲基化、磷酸化等才能正确折叠形成有效的三维构象，并运输到特定

场所发挥功能。翻译后修饰的预测和分析，对

942植物生理学通讯　　第４２卷　第５期，２００６年１０月

正确认识和理解蛋白质的细胞定位和功能划分很重

要。用ＮｅｔＰｈｏｓＫ　１．０　Ｓｅｒｖｅｒ和ＮｅｔＰｈｏｓ　２．０　Ｓｅｒｖｅｒ对黑麦草水溶性ＳｕＳｙ的翻译后修饰预测（Ｂｌｏｍ等２００４）的结果（图２）表明，整个多肽链中分值在０．５以上的氨基酸位点有４８个，依据分值大于０．５（ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ）的氨基酸位点都是磷酸化位点（参考软件ＮｅｔＰｈｏｓ　２．０　Ｓｅｒｖｅｒ），可知黑麦草ＳｕＳｙ的磷酸化位点有４８个，而且均匀分布于整个多肽链中（图

２）。Ｗｉｎｔｅｒ和Ｈｕｂｅｒ　（２０００）认为，磷酸化作用有利于ＳｕＳｙ可溶性构象的形成。据此可以推断，黑麦草ＳｕＳｙ是水溶性的。对绿竹、菜豆、马铃薯、颤

杨的ＳｕＳｙ氨基酸序列分析，也得到同样的结果。５　　导肽的预测和分析

在核糖体上合成的蛋白质或者留在细胞质中，或者运送到其它细胞器，并形成有功能的空间构象后才能发挥其功能。导肽是一段引导新合

成的肽链进入细胞器的识别序列。因此，导肽的预测和分析，对正确认识蛋白质的亚细胞定位与功能作用途径和机制有一定的意义。为此，用ＴａｒｇｅｔＰ　１．１　Ｓｅｒｖｅｒ预测黑麦草水溶性ＳｕＳｙ氨基酸序列的导肽（Ｅｍａｎｕｅｌｓｓｏｎ等２０００）的结果表明，此序列含有线粒体导肽的分值最高（０．８５４），预测的可靠性等级为３，线粒体导肽包含３３个氨基酸残基。对绿竹、菜豆、马铃薯、颤杨水溶性ＳｕＳｙ氨基酸序列分析，也得到相同的结果，即这些植物的水溶性ＳｕＳｙ

存在导肽酶切位点和线粒体导肽。

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６　　跨膜结构域的预测和分析

跨膜结构域是膜中蛋白与膜脂结合的主要部位，一般由２０个左右的疏水氨基酸残基组成，形成α－螺旋，固着于细胞膜上起“锚定”作用。跨膜结构域的预测和分析，对认识蛋白质的结构、功能、分类以及在细胞中的作用部位均有一定的意义。用ＴＭＨＭＭ　２．０　Ｓｅｒｖｅｒ预测（Ｉｋｅｄａ等２００２）黑麦草水溶性ＳｕＳｙ氨基酸序列的跨膜结构域的结果（图３）表明，整条肽链跨膜结构域的可能性均小于１，而软件默认可能性大于１才具有跨膜结构，因此，预测的可能存在的３个跨膜结构域（箭头所示）并不跨膜，黑麦草的水溶性ＳｕＳｙ不存在跨膜结构域，属于非跨膜蛋白类。对绿竹、菜豆、马铃薯、颤杨水溶性ＳｕＳｙ氨基酸序列的跨膜结构域分析，也得到类似的结果。７　　二级结构的预测和分析

蛋白质的生物学功能是蛋白质分子天然构象所具有的性质，由其高级结构所决定，高级结构则是由一级结构即氨基酸顺序决定，而氨基酸顺序是由遗传物质ＤＮＡ的碱基顺序规定的。氨基酸的多肽链借助氢键排列成沿一维方向而呈现有规则的重复构象的二级结构，是氨基酸顺序与三维构象之间的桥梁。二级结构借助范德华力、氢键、静电和疏水等相互作用形成蛋白质的三级结构，

从而发挥正常的生物学功能。据此，用ＳＯＰＭＡ预测黑麦草水溶性ＳｕＳｙ氨基酸序列的二级结构（Ｇｅｏｕｒｊｏｎ和Ｄｅｌｅａｇｅ　１９９５）的结果（图４）显示，α－螺旋和不规则卷曲是黑麦草水溶性ＳｕＳｙ最大量的结构元件，而β－转角和延伸链则散布于整个蛋白质中。统计表明，黑麦草水溶性ＳｕＳｙ的二级结构由４７．８０％的α－螺旋、２８．０２％的不规则卷曲、１５．９３％的延伸链和８．２５％的β－转角组成。这些结果在绿竹、菜豆、马铃薯和颤杨ＳｕＳｙ二级结构中也有相同的表现。

８　　功能域的预测和分析

蛋白酶由多个模体组成，组成这些模体的氨基酸区段行使特异的功能，同时还蕴含着各自的遗传进化信息。在分析黑麦草水溶性ＳｕＳｙ氨基酸序列功能域（图５）中，得到的结果与卢合全等在棉花中的ＳｕＳｙ功能结构特征一致（卢合全等２００５），即黑麦草水溶性ＳｕＳｙ具有２个功能域：Ｎ端６￣５５０肽段与蔗糖合成（ｓｕｃｒｏｓｅ＿ｓｙｎｔｈ）功能区段配对几率为１００％　（ＮＣＢＩ计算值），起催化尿苷二磷酸葡萄糖和果糖合成蔗糖的功能；Ｃ端５５４￣７４２肽段与糖基转移（ｇｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿１）功能区段配对几率为９８．８％　（ＮＣＢＩ计算值），行使糖基化合物（ＵＤＰ、ＡＤＰ、ＧＤＰ或ＣＭＰ）转移功能，可将具备活性的糖基转移至糖原、果糖－６－Ｐ、脂多糖。

总之，本文从生物信息学角度，以黑麦草为主要分析对象，对不同植物中水溶性ＳｕＳｙ基因的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列结构特征进行分析，同时，对其整个肽链的亲水性、疏水性、可能的亚细胞定位、二级结构进行了预测，并对其功能结构域进行了分析。上述虽属推断和预测，但为进一步研究蛋白质的高级结构及探寻水溶性ＳｕＳｙ的潜在功能和了解整个糖代谢，可能有一定的参考价值。

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ｔｗｏ　ｓｕｃｒｏｓｅ　ｓｙｎｔｈａｓｅ　ｉｓｏｆｏｒｍｓ　ｆｒｏｍ　Ｊａｐａｎｅｓｅ　ｐｅａｒ　ｆｒｕｉｔ．　ＰｌａｎｔＣｅｌｌ　Ｐｈｙｓｉｏｌ，　４１：　４０８￣４１４

Ｗａｎｇ　ＡＹ，　Ｙｕ　ＷＰ，　Ｊｕａｎｇ　ＲＨ，　Ｓｕｎｇ　ＨＹ，　Ｓｕ　ＪＣ　（１９９２）．　Ｐｒｅｓｅｎｃｅ　ｏｆ

ｔｈｒｅｅ　ｒｉｃｅ　ｓｕｃｒｏｓｅ　ｓｙｎｔｈａｓｅ　ｇｅｎｅｓ　ｒｅｖｅａｌｅｄ　ｂｙ　ｃｌｏｎｉｎｇ　ａｎｄｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ｏｆ　ＣＤＮＡ．　Ｐｌａｎｔ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ，　１８：　１１９１￣１１９４

Ｗｅｒｒ　Ｗ，　Ｆｒｏｍｍｅｒ　ＷＢ，　Ｍａａｓ　Ｃ，　Ｓｔａｒｌｉｎｇｅｒ　Ｐ　（１９８５）．　Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　ｏｆ

ｔｈｅ　ｓｕｃｒｏｓｅ　ｓｙｎｔｈａｓｅ　ｇｅｎｅ　ｏｎ　ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ　９　ｏｆ　Ｚｅａ　ｍａｙｓ　Ｌ．ＥＭＢＯ　Ｊ，　４：　１３７３￣１３８０

Ｗｉｎｔｅｒ　Ｈ，　Ｈｕｂｅｒ　ＳＣ　（２０００）．　Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｓｕｃｒｏｓｅ　ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ　ｉｎ

ｈｉｇｈｅｒ　ｐｌａｎｔｓ：　ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ　ｏｆ　ａｃｔｉｖｉｔｙ　ｏｆ　ｋｅｙｅｎｚｙｍｅｓ．　Ｃｒｉｔ　Ｒｅｖ　Ｐｌａｎｔ　Ｓｃｉ，　１９：　３１￣６７

Ｚｒｅｎｎｅｒ　Ｒ，　Ｓａｌａｎｏｕｂａｔ　Ｍ，　Ｗｉｌｌｍｉｔｚｅｒ　Ｌ，　Ｓｏｎｎｅｗａｌｄ　Ｕ　（１９９５）．

Ｅｖｉｄｅｎｃｅ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｃｒｕｃｉａｌ　ｒｏｌｅ　ｏｆ　ｓｕｃｒｏｓｅ　ｓｙｎｔｈａｓｅ　ｆｏｒ　ｓｉｎｋｓｔｒｅｎｇｔｈ　ｕｓｉｎｇ　ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ　ｐｏｔａｔｏ　ｐｌａｎｔｓ　（Ｓｏｌａｎｕｍ　ｔｕｂｅｒｏｓｕｍＬ．）．　Ｐｌａｎｔ　Ｊ，　７：　９７￣１０７

Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃ，　４　（６）：　１６３３￣１６４９

Ｃｈｏｐｒａ　Ｓ，　Ｄｅｌｆａｖｅｒｏ　Ｊ，　Ｄｏｌｆｅｒｕｓ　Ｒ，　Ｊａｃｏｂｓ　Ｍ　（１９９２）．　Ｓｕｃｒｏｓｅ

ｓｙｎｔｈａｓｅ　ｏｆ　Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ　ｔｈａｌｉａｎａ：　ｇｅｎｏｍｉｃ　ｃｌｏｎｉｎｇ　ａｎｄ　ｓｅ－ｑｕｅｎｃｅ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ．　Ｐｌａｎｔ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ，　１８：　１３１￣１３４

Ｄｅｊａｒｄｉｎ　Ａ，　Ｒｏｃｈａｔ　Ｃ，　Ｗｕｉｌｌｅｍ　Ｓ，　Ｂｏｕｔｈｉｎ　Ｊ－Ｐ　（１９９７）．　Ｃｏｎｔｒｉｂｕ－

ｔｉｏｎ　ｏｆ　ｓｕｃｒｏｓｅ　ｓｙｎｔｈａｓｅ，　ＡＤＰ－ｇｌｕｃｏｓｅ　ｐｙｒｏｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｓｅａｎｄ　ｓｔａｒｃｈ　ｓｙｎｔｈａｓｅ　ｔｏ　ｓｔａｒｃｈ　ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ　ｉｎ　ｄｅｖｅｌｏｐｉｎｇ　ｐｅａｓｅｅｄｓ．　Ｐｌａｎｔ　Ｃｅｌｌ　Ｅｎｖｉｒｏｎ，　２０：　１４２１￣１４３０

Ｅｍａｎｕｅｌｓｓｏｎ　Ｏ，　Ｎｉｅｌｓｅｎ　Ｈ，　Ｂｒｕｎａｋ　Ｓ，　ｖｏｎ　Ｈｅｉｊｎｅ　Ｇ　（２０００）．

Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ　ｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒ　ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｐｒｏｔｅｉｎｓ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅｉｒＮ－ｔｅｒｍｉｎａｌ　ａｍｉｎｏ　ａｃｉｄ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ．　Ｊ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ，　３００：　１００５￣１０１６Ｇｅｏｕｒｊｏｎ　Ｃ，　Ｄｅｌｅａｇｅ　Ｇ　（１９９５）．　ＳＯＰＭＡ：　ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ　ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ

ｉｎ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｓｅｃｏｎｄａｒｙ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ　ｂｙ　ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ　ｐｒｅ－ｄｉｃｔｉｏｎ　ｆｒｏｍ　ｍｕｌｔｉｐｌｅ　ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ．　Ｃｏｍｐｕｔ　Ａｐｐｌ　Ｂｉｏｓｃｉ，　１１（６）：　６８１￣６８４

Ｈｅｓｓｅ　Ｈ，　Ｗｉｌｌｍｉｔｚｅｒ　Ｌ　（１９９６）．　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ａ　ｓｕｃｒｏｓｅ

ｓｙｎｔｈａｓｅ　ｇｅｎｅ　ｆｒｏｍ　ｓｕｇａｒ　ｂｅｅｔ　（Ｂｅｔａ　ｖｕｌｇａｒｉｓ　Ｌ．）．　Ｐｌａｎｔ　ＭｏｌＢｉｏｌ，　３０：　８６３￣８７２

Ｉｋｅｄａ　Ｍ，　Ａｒａｉ　Ｍ，　Ｌａｏ　ＤＭ，　Ｓｈｉｍｉｚｕ　Ｔ　（２００２）．　Ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ

ｔｏｐｏｌｏｇｙ　ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ　ｍｅｔｈｏｄｓ：　ａ　ｒｅ－ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ　ａｎｄ　ｉｍｐｒｏｖｅ－ｍｅｎｔ　ｂｙ　ａ　ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ　ｍｅｔｈｏｄ　ｕｓｉｎｇ　ａ　ｄａｔａｓｅｔ　ｏｆ　ｅｘｐｅｒｉｍｅｎ－ｔａｌｌｙ－ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ　ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ　ｔｏｐｏｌｏｇｉｅｓ．　Ｉｎ　Ｓｉｌｉｃｏ　Ｂｉｏｌ，２　（１）：　１９￣３３

Ｋｏｍａｔｓｕ　Ａ，　Ｍｏｒｉｇｕｃｈｉ　Ｔ，　Ｋｏｙａｍａ　Ｋ，　Ｏｍｕｒａ　Ｍ，　Ａｋｉｈａｍａ　Ｔ

（２００２）．　Ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｓｕｃｒｏｓｅ　ｓｙｎｔｈａｓｅ　ｇｅｎｅｓ　ｉｎ　ｃｉｔｒｕｓ　ｓｕｇｇｅｓｔｓｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｒｏｌｅｓ　ａｎｄ　ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ．　Ｊ　Ｅｘｐ　Ｂｏｔ，５３：　６１￣７１

Ｋｙｔｅ　Ｊ，　Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ　ＲＦ　（１９８２）．　Ａ　ｓｉｍｐｌｅ　ｍｅｔｈｏｄ　ｆｏｒ　ｄｉｓｐｌａｙｉｎｇ　ｔｈｅ

ｈｙｄｒｏｐａｔｈｉｃ　ｃｈａｒａｃｔｅｒ　ｏｆ　ａ　ｐｒｏｔｅｉｎ．　Ｊ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ，　１５７　（６）：１０５￣１３２

Ｌｉ　ＣＲ，　Ｚｈａｎｇ　ＸＢ，　Ｈｕａｎｇ　ＣＨ，　Ｈｅｗ　ＣＳ　（２００４）．　Ｃｌｏｎｉｎｇ，　ｃｈａｒａｃｔｅｒ－

ｉｚａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｔｉｓｓｕｅ　ｓｐｅｃｉｆｉｃ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｏｆ　ａ　ｓｕｃｒｏｓｅ　ｓｙｎｔｈａｓｅｇｅｎｅ　ｆｒｏｍ　ｔｒｏｐｉｃａｌ　ｅｐｉｐｈｙｔｉｃ　ＣＡＭ　ｏｒｃｈｉｄ　Ｍｏｋａｒａ　Ｙｅｌｌｏｗ．　ＪＰｌａｎｔ　Ｐｈｙｓｉｏｌ，　１６１：　８７￣９４

Ｌｉｎｇｌｅ　ＳＥ，　Ｄｙｅｒ　ＪＭ　（２００１）．　Ｃｌｏｎｉｎｇ　ａｎｄ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｏｆ　ｓｕｃｒｏｓｅ